Nazywany również rytmem dobowym, wewnętrzny zegar jest terminem używanym do opisania około dwudziestoczterogodzinnego cyklu, który jest nieodłączny dla większości żywych istot. Podobnie jak ludzie, rośliny, inne ssaki i inne żywe stworzenia mają wewnętrzny zegar. Podobnie jak w przypadku zegara używanego do określania czasu, cykl dobowy jednostki jest mniej więcej stały i jest determinowany zarówno przez wewnętrzne funkcje biologiczne, jak i bodźce zewnętrzne, które powodują wzorce zachowań, które do pewnego stopnia modyfikują zegar.
Nie można nie doceniać znaczenia wewnętrznego zegara. Kiedy zegar jest zsynchronizowany z codziennym wzorcem jednostki, zadania niezbędne do podtrzymania życia odbywają się w mniej lub bardziej regularny sposób. Na przykład osoba staje się śpiąca o tej samej porze każdej nocy i prawdopodobnie obudzi się naturalnie o tej samej porze rano. Pragnienie jedzenia będzie prawdopodobnie pojawiać się każdego dnia o tej samej porze. Połączenie wewnętrznego programowania i stymulacji zewnętrznej utrzymuje stałą pracę zegara, a tym samym pomaga zapewnić zdrowie jednostki.
Jednak czynniki zewnętrzne mogą również powodować modyfikację wewnętrznego zegara. Na przykład ludzie, którzy pracują w nocy, często doświadczają początkowo wielu trudności, jeśli chodzi o odpoczynek. Zakładając, że wewnętrzny zegar danej osoby jest ustawiony na sen, gdy jest ciemno i wstaje, gdy nadchodzi poranek, konieczny jest okres dostosowania, zanim będzie można zasnąć w ciągu dnia. Tworzenie półciemnego środowiska, w którym jednostka próbuje zasnąć, może czasami pomóc w tym procesie modyfikacji. Podjęcie tego działania ułatwia ustalenie nowego cyklu snu i osiągnięcie spokojnego snu w ciągu dnia.
Innym przykładem modyfikacji wewnętrznego zegara jest podróż. Gdy jednostka przechodzi z jednej strefy czasowej do drugiej, naturalny rytm może zostać wytrącony z równowagi. Rezultatem jest to, co jest powszechnie znane jako jet lag, sytuacja, w której osoba czuje się nieco zmęczona i może doświadczać bezsenności, dopóki ciało nie przyzwyczai się do nowej strefy czasowej.
Ocena aktualnego stanu zegara wewnętrznego zwykle obejmuje monitorowanie temperatury ciała, a także poziomu melatoniny wytwarzanej przez szyszynkę. Obserwacja zmian tych dwóch czynników w ciągu dwudziestu czterech godzin może ułatwić identyfikację aktualnego wzorca związanego z naturalnym rytmem organizmu i porównanie go z codzienną rutyną danej osoby. Przeprowadzając tego typu badania, można określić, jak dobrze dana osoba przystosowuje się do zmian czasu, miejsca i okoliczności, a także uzyskać wskazówki, jak pomóc w tym dostosowaniu.