Istnieje wiele rodzajów oprogramowania zegara czasu, od bezpłatnych i prostych samodzielnych programów typu open source po drogie i skomplikowane programy, które integrują się z oprogramowaniem do obsługi płac. Fizyczny zegar czasu może, ale nie musi być potrzebny do działania oprogramowania. Niektóre pakiety oprogramowania zegara czasu to oprogramowanie jako usługa (SaaS) lub oparte na chmurze, a inne znajdują się w lokalnej sieci komputerowej firmy. Funkcje i kompatybilność różnią się znacznie w zależności od systemu.
Jedyną cechą dostępną we wszystkich systemach jest przechwytywanie uderzeń pracownika przy wejściu i wyjściu za pośrednictwem interfejsu terminala komputerowego lub fizycznego zegara czasu. Stemple można zbierać za pomocą bezpośredniego wejścia, kart czasowych, odznak lub danych biometrycznych. Generalnie oferowane jest podstawowe raportowanie dla kierownictwa, a prawie cały program zegarowy śledzi nadgodziny i przerwy.
Mniejsze — i zazwyczaj tańsze — programy mają zazwyczaj mniej funkcji i często nie integrują się z oprogramowaniem do obsługi płac lub księgowości. Większość większych, bardziej niezawodnych programów do obsługi zegara czasu integruje się bezpośrednio z programami księgowymi i płacowymi i oferuje szereg dodatkowych funkcji, takich jak śledzenie czasu urlopu, płatnego czasu wolnego (PTO) i inne korzyści. Istnieje pozornie nieskończona liczba funkcji i kombinacji dostępnych w każdym typie oprogramowania zegara czasu.
Różne typy oprogramowania zegara czasu oferują różne metody interfejsu. Najpopularniejsza jest metoda wejścia na komputer osobisty (PC). Często łączy się to z internetową metodą wprowadzania. Dzięki tej metodzie informacje o czasie i obecności wprowadza się za pomocą terminala komputerowego i otwiera lub loguje się do programu zegara czasu. W wielu konfiguracjach oprócz fizycznego zegara czasu dostępne jest wejście PC.
Fizyczne odmiany zegara czasu, które łączą się z oprogramowaniem zegara czasu, obejmują systemy kart dziurkowanych, urządzenia biometryczne i czytniki identyfikatorów. System kart dziurkowanych jest najstarszą odmianą i jest po prostu kartą, która jest fizycznie wkładana do zegara, który następnie oznacza kartę czasową. Urządzenia biometryczne — urządzenia, które mogą bezpiecznie zidentyfikować konkretną osobę — mają wiele kształtów i rozmiarów. Są czytniki linii papilarnych, czytniki ręczne i czytniki siatkówki. Czytniki identyfikatorów oferują dwa sposoby rejestrowania i odliczania: skanowanie zbliżeniowe i skanowanie przesuwane.
Kolejną różnicą w typach oprogramowania zegara czasu jest to, czy jest ono połączone w sieć. Oznacza to, że niektóre systemy działają tylko na jednym terminalu komputerowym lub z wykorzystaniem fizycznej metody wprowadzania zegara czasu. Inne systemy są instalowane na serwerze firmy i mogą być dostępne z dowolnego terminala komputerowego w sieci. System oparty na chmurze jest dostępny na każdym urządzeniu z połączeniem internetowym.