Howard Hughes Medical Institute (HHMI) to organizacja non-profit zajmująca się badaniami medycznymi zajmująca się badaniami biomedycznymi i edukacją. Instytut jest jedną z największych organizacji filantropijnych w Stanach Zjednoczonych i co roku przekazuje setki milionów dolarów amerykańskich (USD) na wsparcie badań naukowych. Jej misją jest przybliżanie ludzkości do zrozumienia podstawowych pytań dotyczących życia.
Urodzony w 1905 roku Howard Hughes był uważany za błyskotliwego i ekscentrycznego człowieka i został miliarderem. Wziął skromny spadek i przekształcił swoją własną firmę, Hughes Aircraft Company, w jednego z największych wykonawców obronnych Stanów Zjednoczonych. Jego największym osiągnięciem było założenie Instytutu Medycznego Howarda Hughesa z siedzibą w Chevy Chase w stanie Maryland.
Hughes założył instytut w 1953 i wyznaczył organizację z określonymi dziedzinami badań biomedycznych, które będą przez nią wspierane. Początkowe obszary zainteresowania obejmowały genetykę, biologię komórki, biologię strukturalną, neuronaukę i immunologię. W 1987 roku instytut stał się największą prywatną organizacją zajmującą się doskonaleniem edukacji naukowej w USA. W dalszym ciągu się rozwija i zaczął włączać badania do transformacyjnych programów naukowych.
Jedną z głównych misji Instytutu Medycznego Howarda Hughesa jest udzielanie grantów osobom i instytucjom w środowisku naukowym. Celem tych grantów jest zmiana sposobu prowadzenia badań naukowych oraz nauczania i rozumienia nauki. Od 1988 roku instytut przyznał granty w wysokości ponad 1.4 miliarda dolarów.
Jego drugą podstawową misją jest przesuwanie granic badań naukowych w różnych dziedzinach, w tym badania nad chorobami, takimi jak gruźlica (TB) i ludzki wirus niedoboru odporności (HIV). Programy ustanowione przez instytut to między innymi Howard Hughes Medical Institute Investigators, Early Career Scientists, Janelia Farm Research Campus, Collaborative Innovation Awards, International TB/HIV Initiative oraz International Research Scholars.
Program Investigators jest sztandarowym programem badań biomedycznych instytutu, w którym zatrudnionych jest kilkuset etatowych badaczy. Każdy ma za zadanie opracować konkretny program badań biomedycznych. Wśród śledczych znalazło się kilkunastu zdobywców Nagrody Nobla.