Szczepionka podjednostkowa to szczepionka, która zawiera wyizolowane białka z wirusa, ale nie zawiera wirusowego kwasu nukleinowego. Szczepionki te narażają organizm na działanie antygenów, dzięki czemu może nauczyć się je rozpoznawać bez narażania organizmu na ryzyko replikacji wirusa i późniejszej infekcji. Kilka szczepionek przeciw grypie jest dostępnych w postaci szczepionek podjednostkowych, a wiele firm farmaceutycznych pracuje nad zastosowaniem tej technologii również do opracowywania innych rodzajów szczepionek. Główną zaletą stosowania szczepionki podjednostkowej jest to, że jest bardzo bezpieczna, nawet u osób z osłabionym układem odpornościowym.
Aby wyprodukować szczepionki podjednostkowe, firmy farmaceutyczne pozbawiają się wszystkiego poza białkami związanymi ze specyficznymi i unikalnymi antygenami. Za pomocą inżynierii genetycznej można manipulować organizmami, aby ekspresjonowały te białka w dużych ilościach do produkcji szczepionek. Szczepionka podjednostkowa nie jest zjadliwa, ponieważ nie zawiera materiału genetycznego wirusa, a jedynie białka na zewnątrz wirusa.
Po podaniu tych szczepionek układ odpornościowy uczy się rozpoznawać antygeny i wytwarza specyficzne przeciwciała. Gwarantuje to, że gdy wirus dostanie się do organizmu, układ odpornościowy zidentyfikuje go i nakieruje na zniszczenie, zanim będzie miał możliwość rozpoczęcia replikacji i powodowania choroby. Ponieważ materiał w podjednostkowej szczepionce nie jest zdolny do replikacji, ryzyko wystąpienia działań niepożądanych jest bardzo niskie, a szczepionki są bezpieczne do stosowania u osób ze słabym układem odpornościowym.
Jednym z problemów związanych z techniką produkcji szczepionek podjednostkowych jest to, że czasami wyizolowanie białek powoduje ich denaturację, powodując, że przybierają inny kształt. Układ odpornościowy wytwarza przeciwciała przeciwko zdenaturowanym białkom, ale nie rozpoznaje białek wirusowych in situ na powłoce wirusa. Niektórzy badacze zajęli się tym problemem, wytwarzając rekombinowane szczepionki podjednostkowe, w których białka niebezpiecznego wirusa są łączone z łagodnym wirusem w celu dostarczenia w postaci szczepionki. Zapobiega to denaturacji białek i uczy układ odpornościowy rozpoznawania białek na powierzchni wirusa.
Izolowanie określonych białek daje możliwość szczepienia przeciwko wielu szczepom wirusa, co jest ważną cechą szczepionek przeciw grypie. Badania nad szczepionkami przeciwko ludzkiemu wirusowi niedoboru odporności obejmowały również opracowanie szczepionek podjednostkowych, które mogłyby wykorzystywać określone białka do uczenia organizmu rozpoznawania i eliminowania wirusa HIV bez narażania ludzi na ryzyko replikacji wirusa i zakażenia wirusem HIV.