Istnieje wiele różnych problemów z przetwarzaniem w chmurze, które pojawiły się w 2000 i 2010 roku, gdy przetwarzanie w chmurze stało się bardziej powszechne. Jednymi z największych obaw są te związane z kontrolą i bezpieczeństwem danych osobowych, które są pozostawione pod ochroną firmy w chmurze i poza bezpieczeństwem własnego serwera. Chociaż wciąż pojawiają się obawy, dostawcy usług w chmurze pracują nad rozwiązywaniem problemów z przetwarzaniem w chmurze, zanim staną się one niedogodnością dla swoich klientów.
Jednym z największych problemów związanych z przetwarzaniem w chmurze jest bezpieczeństwo. Dostawcy usług w chmurze przechowują duże ilości danych na swoich serwerach, a wiele osób i firm obawia się, że dane przechowywane w odległych lokalizacjach mogą zostać zhakowane przez złodzieja lub byłego pracownika. Dostawcy jednak inwestują dużo środków w bezpieczeństwo, często więcej niż przeciętna osoba lub firma.
Przenoszenie danych z jednego komputera lub systemu na drugi to kolejny problem związany z chmurą obliczeniową, o który martwi się wiele osób. Wraz z tworzeniem i używaniem wielu programów i formatów dane muszą mieć możliwość łatwego przenoszenia z jednego systemu do drugiego. Chociaż niektórzy dostawcy usług w chmurze przechowują dane w sposób utrudniający pobieranie niektórych systemów operacyjnych, wielu dostawców używa formatów, które można łatwo konwertować między systemami operacyjnymi i programami. Nazywa się to obsługą wielu platform.
Możliwość dostępu do danych to kolejna z kwestii związanych z przetwarzaniem w chmurze. W przypadku przetwarzania w chmurze dane są przechowywane na zdalnych serwerach będących w posiadaniu dostawcy i są dostępne przez Internet. Zakłócenia w usługach internetowych lub w funkcjonowaniu serwerów mogą uniemożliwić użytkownikowi dostęp do jego danych. Dostawcy chmury przewidują takie zakłócenia i starają się je zrekompensować, dysponując systemami i serwerami zapasowymi, do których klient może uzyskać dostęp, jeśli te podstawowe nie działają.
Inną kwestią związaną z przetwarzaniem w chmurze jest kwestia własności danych i praw własności intelektualnej. Umowy między dostawcą chmury a klientem określają problemy prawne, które mogą się pojawić, jeśli obie strony zakwestionują własność informacji przechowywanych w chmurze. Większość dostawców usług w chmurze ma umowy, które wyraźnie stwierdzają, że każda własność umieszczona przez klienta w chmurze pozostaje jego własnością.