E-commerce to kupowanie i sprzedawanie, które odbywa się w środowisku online za pośrednictwem witryny e-commerce. Aplikacja to program zaprojektowany do wykonywania jednego lub większej liczby zadań w określonym środowisku oprogramowania. Aplikacja e-commerce to oprogramowanie zaprojektowane specjalnie w celu wspierania tworzenia witryny e-commerce lub dodawania do niej funkcji. Dołączone są wtyczki i dodatki do oprogramowania witryn handlu elektronicznego, ale aplikacje, które nie mają określonego narzędzia do handlu elektronicznego, nie będą brane pod uwagę. To, co jest integralną częścią jednej witryny e-commerce, może w ogóle nie być potrzebne w innej.
Zazwyczaj aplikacje e-commerce odnoszą się do szerokiej gamy dostępnych programów koszyków na zakupy, a także innego oprogramowania, które zawiera opcje płatności jako wtyczki lub jako część całej aplikacji witryny. Wózki zakupowe mogą dodawać tylko sam koszyk na zakupy do witryny internetowej zbudowanej za pomocą oprogramowania, które nie zostało zaprojektowane specjalnie dla e-commerce i nie ma żadnych szczególnych funkcji e-commerce w podstawowej konfiguracji. Alternatywnie, może być w rzeczywistości wbudowany w sklep internetowy, który zawiera katalog produktów, funkcję wyszukiwania, kasę, kontrolę zapasów, wysyłkę i sposoby przyjmowania płatności na różne sposoby.
Aplikacja koszyka zakupów e-commerce może być open source lub zastrzeżona. Jeśli jest to produkt typu open source, prawdopodobnie będzie oferowany na licencji GNU GPL (Gnu’s Not Unix! General Public License). Może być również napisany w kilku różnych językach komputerowych. Istnieje kilka przykładów aplikacji e-commerce typu open source napisanych w systemie Linux. Istnieją również koszyki na zakupy dla ASP.NET (Active Server Page dla dot-net, znanej również jako ASP+), PHP (PHP Hypertext Preprocessor) i MySQL (Structured Query Language), HTML (HyperText Markup Language), JavaScript® i Perl (Praktyczny język ekstrakcji i raportowania).
Inne aplikacje e-commerce obejmują szeroki zakres. Na przykład istnieje aplikacja e-commerce, która umożliwia właścicielom firm wysyłanie i odbieranie faksów za pośrednictwem ich kont e-mail. Inna aplikacja e-commerce może umożliwić właścicielowi firmy utworzenie biznesowego pulpitu nawigacyjnego na podstawie danych z witryny. Kolejną funkcją jest udostępnienie modułu wysyłkowego lub tabel walutowych. Przydatna w witrynach e-commerce, ale zwykle nie nazywana aplikacjami e-commerce, jest wtyczka, która zawiera funkcje powszechnie używane w witrynach osobistych i firmowych, takie jak kalendarze, pakiety statystyk i ankiety.