Chlorowodorek lizyny jest jednym z najczęściej stosowanych aminokwasów w postaci suplementów i ma kilka przydatnych właściwości poprawiających zdrowie. Kwas ten jest szczególnie dobry, aby pomóc organizmowi w pełni wchłaniać wapń, a także łagodzić objawy infekcji opryszczki pospolitej. Może być również stosowany w leczeniu pospolitej jamy ustnej, owrzodzeń, takich jak owrzodzenia i innych infekcji. W większości przypadków lizynę można przyjmować jako część codziennego schematu suplementacji lub w razie potrzeby w leczeniu epidemii lub infekcji opryszczki. Nie są znane żadne niepożądane skutki uboczne, ponieważ aminokwas ten jest niezbędny dla zdrowych funkcji organizmu i jest również wytwarzany przez organizm.
Najbardziej znanym zastosowaniem chlorowodorku lizyny jest skuteczne leczenie wirusa opryszczki pospolitej. Wirus ten objawia się bolesnymi owrzodzeniami jamy ustnej, powszechnie nazywanymi opryszczkami. Uważa się, że lizyna pomaga kontrolować te stany poprzez hamowanie siły innego aminokwasu, argininy, który może przyczynić się do pojawienia się opryszczki. Chlorowodorek lizyny hamuje wytwarzanie wirusa opryszczki pospolitej, spowalniając, jeśli nie eliminując, działanie wirusa. W badaniach sugerowano, że ludzie przyjmujący placebo doświadczyli dwa razy więcej epidemii opryszczki niż ci, którym podawano suplementy lizyny.
Innym zastosowaniem lizyny jest leczenie pospolitych owrzodzeń jamy ustnej. Przyczyna tych małych, bolesnych ran jest wciąż nieznana, ale opinia medyczna z początku 2000 roku jest taka, że są one spowodowane przez jakiś rodzaj wirusa. Teoria ta odzwierciedla znane już właściwości przeciwwirusowe aminokwasu i jego wpływ na wirusa opryszczki.
Mniej znanym zastosowaniem chlorowodorku lizyny jest łagodzenie epidemii półpaśca poprzez niekorzystny wpływ na uśpiony wirus ospy wietrznej, który powoduje tę chorobę. Wirus ten, Herpes zoster, ma podobny skład do wirusa opryszczki pospolitej i powoduje bolesne owrzodzenia, które często pojawiają się na tułowiu osoby dotkniętej chorobą, chociaż mogą pojawić się również w innych obszarach. Każdy, kto w przeszłości cierpiał na ospę wietrzną, może cierpieć na półpasiec, ale jest bardziej prawdopodobne, że dotyczy on osób z słabszą odpornością, takich jak cukrzyca lub jakikolwiek inny rodzaj depresji układu odpornościowego. W takiej sytuacji lizyna jest zwykle stosowana w połączeniu z lekami przeciwwirusowymi.
Aby suplementy lizyny były skuteczne, substancja musi być przyjmowana w odpowiedniej dawce. Podczas infekcji wirusem opryszczki pospolitej lub innej ostrej infekcji wirusowej zaleca się przyjmowanie 1,000 mg trzy razy dziennie, aby uzyskać najlepsze wyniki. Gdy rany lub wirus ustąpią, dobrym pomysłem jest kontynuowanie leczenia lizyną w dawce 500 mg trzy razy dziennie przez około tydzień.