Programy modyfikujące zachowanie eliminują nieprzystosowawcze zachowania i zastępują je adaptacyjnymi. W badaniu zachowania nieprzystosowawcze zachowanie to takie, które uniemożliwia osobie przystosowanie się do środowiska lub bodźca. Zastąpienie tych zachowań zachowaniami adaptacyjnymi pozwala osobie funkcjonować w okolicznościach, które w przeciwnym razie spowodowałyby załamanie emocjonalne. Programy modyfikacji zachowania są często stosowane jako część bieżącego leczenia osób z zaburzeniami zachowania lub emocjonalnymi, takimi jak autyzm.
Większość programów modyfikujących zachowanie jest zorientowana na cel. Pacjent i, w większości przypadków, opiekunowie pacjenta proszeni są o rozważenie, czym jest nieprzystosowawcze zachowanie i jakie będzie docelowe zachowanie zastępcze lub cel. Po ustaleniu celu zespół asystujący pacjentowi ustala, jak go osiągnąć i jak mierzyć sukces. Pomiar sukcesu jest integralną częścią programów modyfikacji zachowania, ponieważ pozwala pacjentowi dostrzec poprawę.
Pozytywne wzmocnienie jest głównym nośnikiem, poprzez który wpływa na trwałą zmianę w większości programów modyfikacji zachowania. Osoba poddawana leczeniu otrzymuje pozytywne wzmocnienie, takie jak nagroda, przywilej lub pochwała, gdy wykonywane jest zachowanie docelowe. Istnieje również negatywny składnik programów modyfikujących zachowanie. We współczesnych programach stanem negatywnym jest brak wzmocnienia pozytywnego. Kara za zachowanie nieprzystosowawcze jest rzadko stosowana w nowoczesnych programach modyfikujących zachowanie.
Chociaż wiele programów modyfikujących zachowanie jest zaprojektowanych i zaimplementowanych dla pojedynczych osób, istnieją również programy, które traktują ludzi w grupach. Programy grupowe są powszechnie stosowane w leczeniu nastolatków z nieprzystosowawczymi zachowaniami, którymi rodzice mogą czuć się przytłoczeni. Sztywna struktura, jasne konsekwencje i nagrody pomagają nastolatkom osiągnąć docelowe zachowania. Tego typu programy nie są odpowiednie dla dzieci z poważnymi upośledzeniami, które wymagają interakcji jeden na jeden w celu zmiany zachowania.
Jedną z odmian tradycyjnego programu modyfikacji zachowania jest terapia poznawczo-behawioralna. Praktyka ta łączy w sobie propozycję terapii poznawczej, że źródłem nieprzystosowawczych zachowań jest nieprawidłowy wzorzec myślenia, z ideą modyfikacji zachowania, że te nieprzystosowawcze wzorce można zastąpić tymi, które przynoszą korzyść pacjentowi. Ten rodzaj terapii odbywa się pod nadzorem psychiatry i może nie być odpowiedni dla wszystkich typów pacjentów. Jest powszechnie stosowany w leczeniu lęku, zaburzeń obsesyjno-kompulsywnych i depresji, zwykle u dorosłych, którzy są bardziej w stanie analizować własne wzorce myślowe.