Metronidazol jest antybiotykiem najczęściej stosowanym w leczeniu trądziku różowatego, rzęsistkowicy i bakteryjnego zapalenia pochwy. Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków (FDA) klasyfikuje go w kategorii ciążowej B, co zwykle oznacza, że badania na zwierzętach nie wykazały złego wpływu na płody. Ten lek wykazał jednak dowody, że zwiększa ryzyko raka, gdy jest stosowany u ciężarnych szczurów, dlatego kobietom w ciąży często zaleca się unikanie metronidazolu w czasie ciąży, gdy jest to możliwe. Sprzeczne dowody oznaczają, że lekarze mogą przepisywać metronidazol w ciąży tylko wtedy, gdy czują, że jest to jedyny lek, który może pozbyć się niektórych infekcji bakteryjnych, ale zwykle przynajmniej czekają, aż minie pierwszy trymestr.
Lek ten został umieszczony w kategorii ciążowej B, ponieważ badania na zwierzętach nie dostarczają dowodów na jakiekolwiek szkody dla matki lub płodu. Odkryli jednak, że lek ten może powodować poronienie, gdy zostanie wstrzyknięty bezpośrednio w brzuch ciężarnych zwierząt. Ponadto wydaje się, że lek ten może działać rakotwórczo, ponieważ szczury i myszy, którym podawano metronidazol w ciąży, były bardziej narażone na rozwój raka niż te, które go nie przyjmowały. Chociaż ludzie i zwierzęta często reagują inaczej na leki, nie przeprowadzono żadnych badań, które wykazałyby, czy lek ten zwiększa ryzyko zachorowania na raka u ludzi, dlatego należy go stosować ostrożnie.
Chociaż metronidazol w ciąży może być przepisywany przez lekarzy, którzy uważają, że jest to jedyne leczenie problemu, zazwyczaj nie należy go przyjmować w pierwszym trymestrze ciąży. Kiedy jest stosowany w późniejszym okresie ciąży, często dzieli się go na małe dawki, ponieważ zażycie jednej dużej dawki może być szkodliwe. Matki karmiące piersią również są zniechęcane do przyjmowania leku, ponieważ część z nich trafia do mleka matki, a skutki dla dziecka nie są znane od 2011 roku.
Ogólnie rzecz biorąc, lekarze zwykle przepisują metronidazol w ciąży tylko wtedy, gdy korzyści przewyższają ryzyko. Na przykład bakteryjne zapalenie pochwy może prowadzić do przedwczesnego porodu i niskiej masy urodzeniowej, gdy nie jest leczone, więc lekarze mogą przepisać metronidazol, aby pozbyć się infekcji i związanego z nią ryzyka. Rzęsistkowica może również powodować niską masę urodzeniową, poród przedwczesny i przedwczesne pęknięcie błon płodowych, ale dowody wskazują, że leczenie w czasie ciąży niekoniecznie zmniejsza te zagrożenia, a może je nawet zwiększać. Z tego powodu może być leczony tylko wtedy, gdy objawy są skrajne. Podobnie, stosowanie metronidazolu w ciąży w leczeniu trądziku różowatego może nie być odpowiednie, chyba że przypadek jest ciężki, ponieważ stan ten rzadko powoduje długotrwałą szkodę dla matki lub płodu, co oznacza, że leczenie może często czekać do narodzin dziecka.