Το μεσόδερμα είναι ένα από τα τρία κύρια στρώματα σε ένα αναπτυσσόμενο έμβρυο, που αναφέρεται ως στρώματα γεννητικών κυττάρων. Άλλα στρώματα γεννητικών κυττάρων είναι το ενδόδερμα και το εξώδερμα. Όταν το έμβρυο αναπτύσσεται, διαφορετικά όργανα και μέρη του σώματος αναπτύσσονται από αυτά τα στρώματα γεννητικών κυττάρων. Από το μεσόδερμα αναπτύσσονται μύες, οστά, ορισμένος ιστός δέρματος, συνδετικοί ιστοί, το αναπαραγωγικό και το ουροποιητικό σύστημα και άλλα εσωτερικά όργανα. Τα έμβρυα όλων των πολύπλοκων ζώων, συμπεριλαμβανομένων των ανθρώπων, περιέχουν μεσοδερμικά στρώματα στην πρώιμη ανάπτυξή τους.
Το πώς λειτουργεί το μεσόδερμα στην ανάπτυξη ενός εμβρύου είναι αντιπροσωπευτικό της πολύπλοκης διαδικασίας με την οποία οι άνθρωποι και άλλα σπονδυλωτά αναπτύσσονται στη μήτρα. Κάθε ένα από τα διάφορα στρώματα στο πρώιμο έμβρυο ξεκινά ως σχετικά απλές δομές, μετά αλλάζει και αναπτύσσεται για να σχηματίσει τα πολυάριθμα αλληλεπιδρώντα μέρη που είναι απαραίτητα για τη δημιουργία ενός λειτουργικού ζωντανού πλάσματος. Κάθε στρώμα γίνεται όργανα και ιστός που εξαρτώνται από ιστούς και όργανα που δημιουργούνται σε άλλα στρώματα, έτσι ώστε η ανάπτυξη κάθε στρώματος πρέπει να συμβεί σωστά για να εξελιχθεί σε βιώσιμο έμβρυο.
Μέσα στο ίδιο το μεσόδερμα υπάρχουν πρόσθετα στρώματα που διαφοροποιούνται σε διαφορετικά όργανα και μέρη του σώματος κατά τη διάρκεια της κύησης. Κάθε μία από αυτές τις υποδιαιρέσεις αναπτύσσεται σε ένα διαφορετικό σύνολο οργάνων και άλλων ιστών του σώματος. Τα άλλα δύο στρώματα, το εξώδερμα και το ενδόδερμα, γίνονται τελικά εξωτερικός ιστός όπως το δέρμα και τα δόντια (εκτόδερμα) και ο εσωτερικός ιστός που καλύπτει τα περισσότερα εσωτερικά όργανα (ενδόδερμα). Αυτή η διαδικασία ανάπτυξης είναι παρόμοια μεταξύ των περισσότερων σπονδυλωτών.
Ένα από τα στρώματα του μεσόδερμου είναι το μεσόδερμα της πλευρικής πλάκας. Αυτό το τμήμα του εμβρυϊκού ιστού χωρίζεται σε στρώματα που αναπτύσσονται στο τοίχωμα του σώματος καθώς και στο τοίχωμα των εντέρων και του κυκλοφορικού συστήματος. Ένα άλλο στρώμα, το ενδιάμεσο μεσόδερμα, γίνεται το ουροποιητικό και το αναπαραγωγικό σύστημα. Το παραξονικό μεσόδερμα γίνεται μύες του προσώπου, σπόνδυλοι, σκελετικοί μύες και το χόριο στρώμα του δέρματος. Το χορδαμεσόδερμα, ή το αξονικό μεσόδερμα, αναπτύσσεται σε διάφορα μέρη της σπονδυλικής στήλης.
Ένα άλλο πλεονέκτημα αυτού του μέσου ανάπτυξης είναι ότι σχηματίζεται ένα κοίλωμα, ή κοιλότητα σώματος, νωρίς στη διαδικασία. Μέσα σε αυτή την κοιλότητα, υπάρχει χώρος για να αναπτυχθούν τα διάφορα εσωτερικά όργανα. Όταν το ζώο είναι ώριμο, η κοιλότητα του σώματος, που βρίσκεται στην κοιλιά, στεγάζει τα περισσότερα από τα ζωτικά όργανα, παρέχοντας προστασία για τόσο ευαίσθητα και σημαντικά μέρη του σώματος όπως η καρδιά, οι πνεύμονες και τα έντερα. Η επένδυση της κοιλιακής κοιλότητας, που ονομάζεται περιτόναιο, προέρχεται επίσης από το μεσόδερμα κατά την πρώιμη ανάπτυξη.