Μερικές φορές αναφέρονται ως ψηφιακά αρχεία υγείας, τα ηλεκτρονικά αρχεία υγείας είναι αντίγραφα του ιατρικού ιστορικού ενός ατόμου που αποθηκεύεται ως ηλεκτρονικά δεδομένα. Τα ιατρικά αρχεία μπορούν να καλύπτουν ένα ευρύ φάσμα πτυχών της υγείας του ασθενούς, ενώ αποθηκεύονται σε μορφή που είναι εύκολα μεταβιβάσιμη μεταξύ των παρόχων υγείας. Η χρήση ηλεκτρονικών μητρώων υγείας έχει γενικά λάβει μεγάλη υποστήριξη, καθώς είναι δυνατή η ασφαλής μεταφορά των αρχείων δεδομένων μέσα σε λίγα λεπτά σε περίπτωση έκτακτης ανάγκης.
Υπάρχουν πολλά πλεονεκτήματα από τη χρήση ηλεκτρονικών αρχείων υγείας ή ΗΜΥ. Πρώτον, υπάρχει το θέμα της αποθήκευσης. Τα αρχεία υγείας για ασθενείς μπορούν εύκολα να αποθηκευτούν σε σκληρούς δίσκους του συστήματος, καθώς και να αρχειοθετηθούν σε κάποιο τύπο συσκευής αποθήκευσης που καταλαμβάνει ένα μέρος του χώρου που απαιτείται από τα παραδοσιακά έντυπα έγγραφα. Αυτό σημαίνει ότι το πλήρες ιατρικό ιστορικό όλων των ασθενών που σχετίζονται με ένα ιατρείο μπορεί να αποθηκευτεί σε λίγα CDR, καθιστώντας το εύκολο να το πιάσετε σε περίπτωση επικείμενης βλάβης στο ιατρείο ή την κλινική.
Τα ηλεκτρονικά αρχεία υγείας μπορούν επίσης να αρχειοθετηθούν σε απομακρυσμένους διακομιστές. Αυτό σημαίνει ότι ακόμη και αν κάποια φυσική καταστροφή καταστρέψει την εγκατάσταση όπου φυλάσσονται τα έντυπα αντίγραφα των αρχείων ασθενών, οι ηλεκτρονικές εκδόσεις μπορούν να ανακτηθούν και να συναρμολογηθεί ένα νέο αρχείο σε έντυπη μορφή. Οι αρχειοθετημένες εγγραφές είναι προσβάσιμες μόνο με τα κατάλληλα διαπιστευτήρια, επομένως υπάρχουν ακόμη λιγότερες πιθανότητες για παραποίηση εγγραφών από ό,τι με τα έντυπα αντίγραφα.
Τρίτον, τα ηλεκτρονικά αρχεία υγείας μπορούν γρήγορα να προωθηθούν σε θεράποντα ιατρό όταν ο ασθενής ταξιδεύει και χρειάζεται ιατρική φροντίδα. Η γρήγορη λήψη ιατρικού ιστορικού μπορεί να κάνει τεράστια διαφορά στην ικανότητα του θεράποντος ιατρού να θεραπεύει σωστά τον ασθενή, καθώς παρέχει στον επαγγελματία υγείας ένα υπόβαθρο που μπορεί να σχετίζεται με την τρέχουσα κατάσταση υγείας. Αυτό καθιστά τους ηλεκτρονικούς φακέλους υγείας ιδιαίτερα σημαντικούς για άτομα που λαμβάνουν φάρμακα ή αντιμετωπίζουν μια συνεχιζόμενη ιατρική κατάσταση.
Ενώ η δημιουργία μιας διαδικασίας για τη δημιουργία ηλεκτρονικών αρχείων υγείας μπορεί να είναι δαπανηρή στο μπροστινό μέρος, τα οφέλη τόσο για τον ασθενή όσο και για τον γιατρό αντισταθμίζουν εύκολα αυτήν την αρχική δαπάνη. Με την πάροδο του χρόνου, θεωρείται γενικά ότι η χρήση ηλεκτρονικών αρχείων υγείας μπορεί να εξοικονομήσει χρόνο, να μειώσει τα λάθη γραφείου και γενικά να είναι χρήσιμη για όλα τα ενδιαφερόμενα μέρη.