Η βλαστοκύστη είναι μια κυτταρική μάζα που σχηματίζεται νωρίς στη διαδικασία ανάπτυξης του εμβρύου στα θηλαστικά. Στους ανθρώπους, αυτό το στάδιο της εμβρυογένεσης εμφανίζεται πέντε ημέρες μετά τη γονιμοποίηση, όταν υπάρχουν λιγότερα από 100 κύτταρα στη μάζα. Σε αυτό το στάδιο ανάπτυξης, το έμβρυο δεν έχει ακόμη εμφυτευθεί στη μήτρα.
Τα γονιμοποιημένα αυγά είναι γνωστά ως ζυγώτες. Μόλις γονιμοποιηθεί, το ωάριο υφίσταται μια ταχεία σειρά κυτταρικών διαιρέσεων, ακολουθούμενες από διαφοροποίηση των κυττάρων.
Μέσα στη βλαστοκύστη, υπάρχουν δύο τύποι κυττάρων. Στο εσωτερικό βρίσκεται η εσωτερική κυτταρική μάζα, ένα τμήμα της οποίας θα αρχίσει να διαιρείται με πολύ γρήγορο ρυθμό και θα γίνει το αναπτυσσόμενο έμβρυο. Περιβάλλεται από μια κοιλότητα γεμάτη υγρό που ονομάζεται blastocoele. Γύρω από αυτό υπάρχει ένα ενιαίο στρώμα κυττάρων που ονομάζεται τροφοβλάστη, το οποίο θα συνδυαστεί με τα ενδομήτρια κύτταρα της μήτρας για να γίνει ο πλακούντας.
Πολλοί άνθρωποι που υποβάλλονται σε εξωσωματική γονιμοποίηση προτιμούν τη μεταφορά βλαστοκύστης ως εναλλακτική της εμβρυομεταφοράς τριών ημερών. Η μεταφορά βλαστοκύστεων, που είναι λίγο μεγαλύτερης ηλικίας, μπορεί να είναι μια πιο αποτελεσματική επιλογή επειδή τείνουν να είναι πιο σταθερά από τα έμβρυα τριών ημερών και πιο πιθανό να οδηγήσουν σε εγκυμοσύνη. Αυτό συμβαίνει επειδή περίπου το 50% των εμβρύων δεν φτάνουν την πέμπτη ημέρα ανάπτυξης. Με τη χρήση αυτών των εμβρύων, επομένως, υπάρχει μεγαλύτερη πιθανότητα να είναι βιώσιμα μετά τη μεταφορά.
Ένα άλλο πλεονέκτημα της χρήσης αυτών των παλαιότερων εμβρύων για εμφύτευση είναι ότι, επειδή υπάρχει μεγαλύτερη πιθανότητα βιωσιμότητας, δεν χρειάζονται τόσα πολλά να εμφυτευθούν. Πολλοί άνθρωποι προτιμούν αυτήν την επιλογή επειδή υπάρχει πολύ μικρότερη πιθανότητα πολύδυμων κυήσεων, οι οποίες μπορεί να είναι επικίνδυνες για την έγκυο γυναίκα και για τα αναπτυσσόμενα μωρά, με αυξημένο κίνδυνο λιποβαρών μωρών, αποβολής και γέννας νεκρού.
Οι βλαστοκύστεις είναι σημαντικές σε ένα πεδίο επιστημονικής έρευνας που ονομάζεται έρευνα εμβρυϊκών βλαστοκυττάρων. Τα εμβρυϊκά βλαστοκύτταρα πιστεύεται ότι έχουν ειδικές ιδιότητες που δεν έχουν άλλοι τύποι βλαστοκυττάρων, ίσως λόγω του γεγονότος ότι, στα εμβρυϊκά κύτταρα, η γονιδιακή έκφραση έχει μόλις αρχίσει. Τα έμβρυα που χρησιμοποιούνται σε αυτό το είδος έρευνας λαμβάνονται από κλινικές εξωσωματικής γονιμοποίησης με τη ρητή άδεια των βιολογικών γονέων. Γενικά, οι άνθρωποι επιτρέπουν στα έμβρυά τους να χρησιμοποιηθούν με αυτόν τον τρόπο εάν δεν χρειάζονται πλέον για εμφύτευση και εάν αισθάνονται άνετα με τη χρήση τους στην έρευνα.