Ενώ τα συμπτώματα της δυσπεψίας και του ρέψιμου μπορεί να είναι ήπια, ορισμένες από τις υποκείμενες αιτίες μπορεί να είναι πολύ σοβαρές. Οι πιο συχνές αιτίες είναι η γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση (ΓΟΠ), η γαστρίτιδα και το έλκος στομάχου. ΓΟΠΝ εμφανίζεται όταν η τροφή ταξιδεύει πίσω στον οισοφάγο αντί να παραμείνει στο στομάχι. Η γαστρίτιδα και το έλκος του στομάχου είναι παρόμοια στο ότι και τα δύο είναι διαταραχές που σχετίζονται με το στομάχι. Η φλεγμονή και ο ερεθισμός του βλεννογόνου του στομάχου ονομάζεται γαστρίτιδα, ενώ τα έλκη του στομάχου είναι πληγές που παράγονται στην επένδυση.
Οι πάσχοντες από ΓΟΠ μπορεί να πιστεύουν ότι παρουσιάζουν παλινδρόμηση οξέος επειδή και οι δύο περιγράφουν τη διαταραχή του περιεχομένου του στομάχου που απελευθερώνεται στον οισοφάγο. Το φαγητό δεν είναι το μόνο πράγμα που ταξιδεύει στον οισοφάγο, αλλά και η χολή σε ορισμένες περιπτώσεις. Το άσθμα, η παχυσαρκία και το κάπνισμα είναι μόνο μερικοί από τους παράγοντες κινδύνου που σχετίζονται με το ΓΟΠΝ. Τα συμπτώματα της ΓΟΠΝ, εκτός από τη δυσπεψία και το ρέψιμο, περιλαμβάνουν έμετο με αίμα, δυσκολία στην κατάποση και πόνο στο στήθος. Η θεραπεία για τη ΓΟΠ κυμαίνεται από φάρμακα χωρίς ιατρική συνταγή έως χειρουργική επέμβαση.
Η γαστρίτιδα εμφανίζεται όταν η επένδυση του στομάχου διογκώνεται ή ερεθίζεται. Η φλεγμονή προκύπτει από βακτηριακή υπερανάπτυξη και μόλυνση. Τα άτομα μπορούν να αναγνωρίσουν πιθανή γαστρίτιδα με μαύρα κόπρανα, αιμορραγία από το ορθό και έμετο μαζί με δυσπεψία και ρέψιμο. Στις περισσότερες περιπτώσεις, η γαστρίτιδα μπορεί να αντιμετωπιστεί αρκετά εύκολα, αλλά σε σπάνιες περιπτώσεις μπορεί να οδηγήσει σε καρκίνο του στομάχου. Η διαιτητική παρέμβαση, όπως η αποφυγή πικάντικων τροφών και αντιόξινων, χρησιμοποιείται συχνά για τη θεραπεία της γαστρίτιδας.
Τα έλκη στομάχου διαφέρουν από τη γαστρίτιδα επειδή αναπτύσσονται επώδυνες πληγές στο βλεννογόνο του στομάχου. Ορισμένα φάρμακα μπορεί να προκαλέσουν έλκη, όπως η ιβουπροφαίνη και η ασπιρίνη. Συχνά η αιτία είναι βακτηριακή μόλυνση από ένα συγκεκριμένο στέλεχος γνωστό ως ελικοβακτηρίδιο του πυλωρού. Τα άτομα με έλκος στομάχου βιώνουν πόνο ροκανίσματος, αλλά και δυσπεψία και προβλήματα με ρέψιμο. Ανάλογα με τη σοβαρότητα του πόνου, τα έλκη στομάχου μπορούν να αντιμετωπιστούν με αντιόξινα ή μπορεί να χρειαστεί επείγουσα ιατρική βοήθεια.
Η δυσπεψία και το ρέψιμο συχνά θεωρούνται δεδομένα όταν πρέπει να υπάρχει λόγος ανησυχίας. Υπάρχουν συχνά άλλα συμπτώματα που μπορούν να επιταχύνουν το πρόβλημα από μια ήπια κατάσταση σε ένα που θα πρέπει να προκαλεί σοβαρή ανησυχία. Ο σοβαρός και χρόνιος πόνος είναι ένα παράδειγμα συμπτώματος που πρέπει να αναφερθεί σε έναν επαγγελματία ιατρό. Αυτός ή αυτή μπορεί να χορηγήσει τις κατάλληλες εξετάσεις για να διαγνώσει ποια από αυτές τις καταστάσεις, εάν υπάρχουν, είναι η υποκείμενη αιτία. Οι γιατροί και άλλοι επαγγελματίες υγείας θα προτείνουν συχνά κατάλληλες θεραπείες που στοχεύουν στη συγκεκριμένη αιτία και όχι στη γενική σύσταση λήψης ενός αντιόξινου.