Ο ερμαφρόδιτος περιγράφει ένα άτομο που γεννιέται με σωματικά χαρακτηριστικά και θηλυκά και αρσενικά. Όλο και περισσότερο, ωστόσο, το intersex γίνεται πιο δημοφιλής περιγραφή όταν αναφέρεται σε άτομα αυτής της εκ γενετής κατάστασης. Ένας ερμαφρόδιτος μπορεί να γεννηθεί και με τα δύο γεννητικά όργανα ή μπορεί να γεννηθεί με ένα κύριο σεξουαλικό όργανο, αλλά να έχει μέρος ενός δεύτερου αντίθετου οργάνου. Πέρα από τα ορατά χαρακτηριστικά, άλλα φυσικά χαρακτηριστικά μπορεί επίσης να προκαλέσουν τον ορισμό ενός ατόμου ως intersex, όπως οι χρωμοσωμικές διαφορές που είναι εμφανείς στο σύνδρομο Klinefelter όπου ένας άνδρας γεννιέται με δύο χρωμοσώματα Χ και ένα χρωμόσωμα Υ.
Η ετικέτα ερμαφρόδιτος δεν εφαρμόζεται μόνο στους ανθρώπους, αλλά χρησιμοποιείται συχνά για να περιγράψει ορισμένα είδη φυτών, καθώς και άλλα ζώα που διαθέτουν και τα δύο γεννητικά όργανα. Ιστορικά, οι άνθρωποι που γεννιούνται με αυτή την πάθηση συχνά υποβάλλονται σε χειρουργική επέμβαση κατά τη βρεφική ηλικία. Για όλες τις προθέσεις και σκοπούς, η χειρουργική επέμβαση αποσκοπεί στην εξάλειψη ενός από τα γεννητικά όργανα και, ως εκ τούτου, να κάνει το παιδί ανατομικά είτε θηλυκό είτε αρσενικό.
Κάποιοι, όπως η Intersex Society of North America, θεωρούν ότι ο ερμαφρόδιτος είναι μια ξεπερασμένη και ανακριβής περιγραφή των ιντερσεξ ατόμων. Συνήθως, χρησιμοποιείται για να περιγράψει άτομα που πιστεύεται ότι είναι, σωματικά, τόσο γυναίκες όσο και άνδρες. Τα άτομα που γεννιούνται με χαρακτηριστικά και των δύο φύλων, ωστόσο, δεν μπορούν να απεικονιστούν τόσο εύκολα ως εντελώς θηλυκά ενώ είναι και εντελώς αρσενικά. Συγκεκριμένα, ένα άτομο που κάποιοι μπορεί να το αναφέρουν ως ερμαφρόδιτο μπορεί στην πραγματικότητα να γεννηθεί με εξωτερικά ανδρική εμφάνιση, αλλά να έχει γυναικεία εσωτερικά όργανα ή το αντίστροφο.
Υπάρχει μια σειρά από άλλες συγγενείς παραλλαγές που κάνουν ορισμένους να αποφεύγουν την ετικέτα του ερμαφρόδιτου. Για παράδειγμα, ένα νεογέννητο κορίτσι μπορεί να γεννηθεί χωρίς κολπικό άνοιγμα ή μπορεί να γεννηθεί με μια διευρυμένη κλειτορίδα, η οποία μπορεί να φαίνεται ότι είναι ένα μικρό πέος. Ένα νεογέννητο αγόρι μπορεί να γεννηθεί με όσχεο που έχει σχήμα χείλη.
Μια άλλη περιγραφή, που κάποτε ορίστηκε ως πραγματικός ερμαφρόδιτος, εφαρμόζεται σε άτομα που γεννιούνται με σεξουαλικούς αδένες που αποτελούνται από ιστό όρχεων καθώς και ωοθηκών. Σήμερα, οι γιατροί αναφέρονται πιο συχνά σε αυτή την διαφυλική πάθηση ως ωοτόχεις. Μερικοί άνθρωποι μπορεί να έχουν δύο ωοθηκικούς όρχεις ή μπορεί να έχουν μόνο έναν που συνδυάζεται με μια άλλη ωοθήκη. Τα βρέφη που γεννιούνται με ωοθηκικούς όρχεις συχνά φαίνονται να έχουν κανονική εμφάνιση γυναικεία ή ανδρικά γεννητικά όργανα, ενώ μερικά φαίνεται να έχουν γεννητικά όργανα που φαίνεται να είναι συνδυασμός και των δύο.
Η ιατρική επιστήμη ανακάλυψε ότι τα άτομα που μπορεί κάποτε να έχουν περιγραφεί ως ερμαφρόδιτα μπορούν στην πραγματικότητα να γεννηθούν με πολλαπλές παραλλαγές οργάνων φύλου σε θηλυκό και αρσενικό. Αυτό οδήγησε στην πιο κοινή χρήση του όρου intersex με τον οποίο χαρακτηρίζονται τέτοια άτομα σήμερα. Μερικοί άνθρωποι που γεννήθηκαν με αυτήν την πάθηση, ωστόσο, επέλεξαν να ασπαστούν την προηγούμενη ταμπέλα, ενώ άλλοι τη βρίσκουν προσβλητική.