Οι πιο συχνές παρενέργειες της μαγνητικής τομογραφίας είναι αυτές που σχετίζονται με το ξαπλωμένο σε μικρό χώρο για μεγάλο χρονικό διάστημα και μπορεί να περιλαμβάνουν ζάλη, πόνους στην πλάτη και κόπωση. Πιο σοβαρές παρενέργειες μπορεί να εμφανιστούν ως αντίδραση σε οποιοδήποτε σκιαγραφικό που χρησιμοποιείται για την μαγνητική τομογραφία. Σε πολύ σπάνιες περιπτώσεις, εάν ένα κομμάτι μετάλλου βρίσκεται στο σώμα, το μηχάνημα μαγνητικής τομογραφίας μπορεί να αναγκάσει το αντικείμενο να κινηθεί μέσα στο σώμα, προκαλώντας σοβαρή βλάβη. Αυτή είναι μια πολύ σπάνια παρενέργεια, καθώς υπάρχουν αυστηρές προφυλάξεις για την προστασία από αυτού του είδους τα ατυχήματα.
Συνήθως, οι άνθρωποι εμφανίζουν παρενέργειες με μαγνητική τομογραφία που φαίνεται να προκαλούνται από τις επιπτώσεις της μαγνητικής τομογραφίας, αλλά στην πραγματικότητα προκαλούνται από το να ξαπλώνουν πολύ ακίνητα για μεγάλες χρονικές περιόδους. Η ζάλη και οι πόνοι στην πλάτη που αναφέρουν ορισμένοι ασθενείς σχεδόν σίγουρα προκαλούνται από την ακινησία σε μια σκληρή επιφάνεια για μία ώρα ή περισσότερο. Η κόπωση μετά από μαγνητική τομογραφία προκαλείται συχνά από το άγχος που σχετίζεται με τη λήψη των εικόνων, το οποίο μπορεί να είναι πιο κουραστικό από ό,τι φαίνεται κατά τη διάρκεια της διαδικασίας. Οι παρενέργειες της μαγνητικής τομογραφίας, όπως οι πονοκέφαλοι, σχετίζονται συχνά με τους δυνατούς θορύβους που ακούγονται κατά τη διάρκεια μιας μαγνητικής τομογραφίας και είναι πιο συχνές σε άτομα που εμφανίζουν επίσης ημικρανίες.
Μερικοί άνθρωποι εμφανίζουν ήπιες παρενέργειες MRI που συνήθως μοιάζουν με αλλεργική αντίδραση όταν χρησιμοποιείται σκιαγραφικό. Πολύ σοβαρές παρενέργειες MRI μπορεί να εμφανιστούν όταν ένας ασθενής έχει σοβαρή νεφρική ανεπάρκεια και εκτίθεται σε σκιαγραφικό που περιέχει γαδολίνιο. Αυτή η παρενέργεια είναι μια ασθένεια που ονομάζεται νεφρογενής συστηματική ίνωση, η οποία είναι ανίατη και μερικές φορές θανατηφόρα. Είναι σχετικά απίθανο κάποιος να εμφανίσει αυτή την παρενέργεια, καθώς η νεφρική ανεπάρκεια συνήθως εντοπίζεται πριν από μια μαγνητική τομογραφία που περιλαμβάνει γαδολίνιο.
Πολύ σπάνια, ο σίδηρος στο σώμα θα προκαλέσει επώδυνες παρενέργειες μαγνητικής τομογραφίας. Τα σιδηρομαγνητικά αντικείμενα μπορούν να κινηθούν με δύναμη από οποιαδήποτε θέση κοντά σε μια μηχανή μαγνητικής τομογραφίας. Εάν βρίσκονται μέσα στο σώμα, μπορεί να προκαλέσουν μεγάλη βλάβη στα εσωτερικά όργανα. Ένα άτομο με μεταλλικά σφραγίσματα στα δόντια του μπορεί να αισθάνεται ελαφρύ μυρμήγκιασμα, αλλά τα μικρά οδοντικά εξαρτήματα συνήθως δεν είναι προβληματικά για τη διαδικασία.
Η πιο κοινή παρενέργεια μιας μαγνητικής τομογραφίας φαίνεται να είναι η αυξημένη ευαισθησία σε πιθανά προβλήματα υγείας. Ένα μηχάνημα μαγνητικής τομογραφίας είναι μια αγχωτική και συχνά άγνωστη τεχνολογία και πολλοί άνθρωποι ανησυχούν πολύ για αισθήσεις που κανονικά δεν θα μπορούσαν να θεωρηθούν ανησυχητικές. Το αντιληπτό μυρμήγκιασμα ή ζάλη που συνήθως περνά απαρατήρητο ή οποιαδήποτε αίσθηση πόνου γίνεται πηγή μεγάλης ανησυχίας. Η αντιληπτή πιθανότητα να υπήρξαν σημαντικές παρενέργειες προκαλεί επίσης συμπτώματα πανικού. Αυτές οι παρενέργειες μπορούν να αποφευχθούν μιλώντας με έναν έμπιστο γιατρό και αναγνωρίζοντας ότι η μαγνητική τομογραφία είναι μια πολύ ασφαλής διαδικασία.