Η θεραπεία για μια παγκρεατική κύστη συχνά δεν περιλαμβάνει καθόλου θεραπεία. Μικρές, καλοήθεις κύστεις και ψευδοκύστεις συχνά υποχωρούν από μόνες τους, επομένως η προσεκτική αναμονή είναι συχνά επαρκής, αν και μπορεί να χρειαστεί να εξεταστεί περαιτέρω θεραπεία εάν προκαλούν οποιαδήποτε ενόχληση ή άλλα συμπτώματα. Εάν δεν υποχωρήσουν χωρίς θεραπεία, ένας γιατρός θα πρέπει να τα παρακολουθεί για να δει εάν συνεχίζουν να αναπτύσσονται ή αν παρουσιάζουν σημάδια ότι γίνονται καρκινικά, οπότε μπορεί να χρειαστεί βιοψία. Οι μεγάλες κύστεις, ή αυτές που μεγαλώνουν με την πάροδο του χρόνου και προκαλούν προβλήματα στον ασθενή, μπορεί να χρειαστεί να αποστραγγιστούν με βελόνα. Μπορεί επίσης να χρειαστούν χειρουργική αφαίρεση, ιδιαίτερα εάν υπάρχουν ενδείξεις ότι μπορεί να στραφούν σε καρκίνο.
Για πολλούς ασθενείς, μια παγκρεατική κύστη – η οποία μπορεί να μην είναι αληθινή κύστη αλλά μια ψευδοκύστη που δεν διαθέτει τα εξειδικευμένα κύτταρα που εκκρίνουν υγρό στον χώρο που καταλαμβάνουν – θα υποχωρήσει χωρίς θεραπεία. Πολλοί γιατροί προτιμούν να χρησιμοποιούν μια μέθοδο που ονομάζεται προσεκτική αναμονή, όπου δεν χορηγείται θεραπεία και η κύστη παρακολουθείται για αλλαγές. Συχνά, μια καλοήθης κύστη υποχωρεί εντός έξι εβδομάδων και δεν απαιτείται παρέμβαση.
Μια παγκρεατική κύστη που επιμένει μετά από μια κανονική περίοδο άγρυπνης αναμονής μπορεί να μην απαιτεί θεραπεία, αλλά συνήθως απαιτεί παρακολούθηση. Οι κύστεις στο πάγκρεας μπορούν να αναπτυχθούν με την πάροδο του χρόνου και μόλις γίνουν μεγαλύτερες από 2 εκατοστά μπορεί να προκαλέσουν πόνο στην πλάτη ή στην κοιλιά, ίκτερο ή ακόμα και να μολυνθούν. Μπορεί επίσης να γίνουν προκαρκινικά ή καρκινικά. Οι συνεχιζόμενες κύστεις θα πρέπει να ελέγχονται τακτικά από γιατρό για να διασφαλιστεί ότι δεν προκαλούν πρόβλημα.
Η παροχέτευση είναι μερικές φορές η θεραπεία για μια μεγάλη, συμπτωματική παγκρεατική κύστη, ιδιαίτερα σε ηλικιωμένους ασθενείς που μπορεί να μην είναι αρκετά υγιείς για χειρουργική επέμβαση. Αυτό γίνεται συνήθως με τη λειτουργία ενός ενδοσκοπίου, το οποίο είναι ένας εύκαμπτος σωλήνας που μπορεί να εξοπλιστεί με μια βελόνα για παροχέτευση, στο στόμα και κάτω στην κοιλιά. Εκεί, η βελόνα θα εισαχθεί στην κύστη για να τραβήξει έξω το υγρό μέσα.
Η χειρουργική επέμβαση είναι συχνά μια καλή επιλογή για τη θεραπεία μιας παγκρεατικής κύστης. Οι νέοι, υγιείς ασθενείς μπορεί να προτιμούν αυτή την επιλογή από την παροχέτευση, καθώς είναι συχνά η πιο αποτελεσματική προσέγγιση. Είναι επίσης συνήθως η προτιμώμενη μέθοδος εάν μια βιοψία υποδεικνύει ότι η κύστη μπορεί να γίνει καρκινική. Όταν μια παγκρεατική κύστη αφαιρείται χειρουργικά, οι πιθανότητες να επανέλθει είναι αρκετά μικρές.