Το εμβρυϊκό αλκοολικό σύνδρομο τυπικά δεν μπορεί να θεραπευτεί, αλλά ορισμένα από τα συμπτώματά του μπορούν να αντιμετωπιστούν, ειδικά εάν εντοπιστούν νωρίς στη ζωή. Για παράδειγμα, καρδιακά ελαττώματα που συχνά περιλαμβάνουν τρύπα ή φύσημα μπορούν να αντιμετωπιστούν με χειρουργική επέμβαση. Άλλα σωματικά συμπτώματα, όπως η απώλεια ακοής και όρασης, μπορούν συχνά να αντιμετωπιστούν με ακουστικά βαρηκοΐας και γυαλιά. Φυσικά, συνήθως υπάρχουν ψυχικά ζητήματα που σχετίζονται με το ποτό κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, όπως η καθυστέρηση, οι μαθησιακές δυσκολίες και η δυσκολία στη λογική. Η τυπική θεραπεία για τα συμπτώματα του εμβρυϊκού αλκοολικού συνδρόμου όπως αυτά περιλαμβάνει ειδικά μαθήματα στο σχολείο, καθώς και κοινωνικές υπηρεσίες από νωρίς.
Ένα από τα πιο κοινά συμπτώματα του εμβρυϊκού αλκοολικού συνδρόμου είναι ένα καρδιακό ελάττωμα. Αυτό μπορεί να περιλαμβάνει ένα μουρμουρητό, το οποίο είναι μια αρκετά ήπια ανωμαλία που έχουν επίσης ορισμένα κατά τα άλλα υγιή παιδιά. Από την άλλη πλευρά, ορισμένα μωρά με σύνδρομο εμβρυϊκού αλκοόλ μπορεί να υποφέρουν από κοιλιακό διαφραγματικό ελάττωμα, το οποίο περιγράφει μια τρύπα στο τοίχωμα μεταξύ της δεξιάς και της αριστερής κοιλίας. Ένα άλλο πιθανό ζήτημα που σχετίζεται με το εμβρυϊκό αλκοολικό σύνδρομο είναι το ελάττωμα του κολπικού διαφράγματος, στο οποίο το τοίχωμα μεταξύ των άνω θαλάμων δεν κλείνει. Τέτοια ελαττώματα μπορεί να επιλυθούν με χειρουργική επέμβαση, αλλά αυτός ο τύπος θεραπείας για θέματα εμβρυϊκού αλκοολικού συνδρόμου θεωρείται συχνά πολύπλοκος και δεν είναι πάντα επιτυχής.
Υπάρχουν και άλλοι τύποι θεραπείας για τα σωματικά συμπτώματα του εμβρυϊκού αλκοολικού συνδρόμου. Για παράδειγμα, τα αυτιά μπορεί να παραμορφωθούν κατά τη γέννηση, οδηγώντας σε απώλεια ακοής κατά τη βρεφική ηλικία. Αυτό μπορεί να λυθεί με ακουστικά βαρηκοΐας, καθώς και με πλαστική χειρουργική για αλλαγή της όψης των αυτιών, αν χρειαστεί. Η απώλεια όρασης είναι ένα άλλο κοινό σύμπτωμα αυτής της ασθένειας, που συχνά απαιτεί γυαλιά σε νεαρή ηλικία. Ενώ υπάρχει θεραπεία για το εμβρυϊκό αλκοολικό σύνδρομο σωματικά συμπτώματα όπως αυτά, ορισμένα δεν μπορούν συνήθως να διορθωθούν, όπως ένα ασυνήθιστα μικρό κεφάλι ή σώμα.
Μερικά από τα πιο ανησυχητικά συμπτώματα αυτής της ασθένειας είναι ψυχικά προβλήματα. Για παράδειγμα, η νοητική υστέρηση, οι καθυστερήσεις στην ομιλία και τη γλώσσα και οι μαθησιακές δυσκολίες είναι μερικά μόνο από τα κύρια ζητήματα. Αυτά απαιτούν συχνά χρόνια θεραπείας από μικρή ηλικία, όπως καθοδήγηση συμπεριφορικής διαχείρισης, καθώς και συμβουλές για το πώς να αντιμετωπίσετε το άγχος. Επιπλέον, στα παιδιά θα πρέπει να προσφέρεται εξατομικευμένη θεραπεία για το εμβρυϊκό αλκοολικό σύνδρομο μόλις ξεκινήσουν το σχολείο, καθώς συχνά χρειάζονται ειδικά μαθήματα για να φτάσουν στα τυπικά ορόσημα για την ηλικία τους. Τα μαθήματα ειδικής αγωγής μπορούν να τους επιτρέψουν να επιτύχουν στο σχολείο παρά τις μαθησιακές τους δυσκολίες, την υπερκινητικότητα και την ανικανότητα να συλλογιστούν κανονικά.