Η χειρουργική επέμβαση ειλεοστομίας περιλαμβάνει την εκτροπή μέρους του εντέρου έτσι ώστε να ανοίγει σε μια θήκη. Αυτό το είδος χειρουργικής επέμβασης χρησιμοποιείται όταν αφαιρείται μέρος του εντέρου, λόγω των επιπτώσεων του καρκίνου ή άλλων ασθενειών που βλάπτουν το έντερο. Υπάρχουν διάφοροι τύποι χειρουργικής ειλεοστομίας και η διαδικασία μπορεί να είναι προσωρινή, όπως στην ειλεοστομία βρόχου, ή μόνιμη. Ο ασκός μπορεί να είναι τεχνητός, ο οποίος φοριέται έξω από το σώμα, όπως σε μια τελική ειλεοστομία, ή μπορεί να είναι κατασκευασμένος από έντερα και να περιέχεται μέσα στο σώμα, όπως στην περίπτωση ηπειρωτικής ειλεοστομίας ή ειλεο-πρωκτικού θύλακα.
Σε καταστάσεις όπως η ελκώδης κολίτιδα και η νόσος του Crohn, το ανοσοποιητικό σύστημα επιτίθεται στα έντερα προκαλώντας φλεγμονή, διάρροια και πόνο. Όταν η φαρμακευτική αγωγή δεν έχει αποτέλεσμα, μπορεί να απαιτηθεί ειλεοστομία για να παρακάμψει το κατεστραμμένο έντερο, έτσι ώστε η χωνεμένη τροφή να περάσει κατευθείαν σε μια θήκη. Κανονικά, ένας τύπος χειρουργικής ειλεοστομίας που είναι γνωστός ως τελική ειλεοστομία χρησιμοποιείται για ασθενείς με φλεγμονώδεις νόσους του εντέρου. Σε μια τελική ειλεοστομία, το έντερο περνά μέσα από μια τρύπα στο δέρμα της κοιλιάς και ανοίγει σε μια συνθετική θήκη που φοριέται έξω από το σώμα. Αυτό προτιμάται από τις μεθόδους όπου δημιουργείται ένας εσωτερικός σάκος από άλλο μέρος του εντέρου, καθώς υπάρχει ο κίνδυνος ο ίδιος ο σάκος να επηρεαστεί έγκαιρα από τη φλεγμονώδη κατάσταση του εντέρου.
Όταν ένα άτομο έχει καρκίνο του εντέρου, αυτό μερικές φορές σημαίνει ότι ένα τμήμα του εντέρου πρέπει να αφαιρεθεί. Αφού αναρρώσουν τα υπόλοιπα έντερα, το έντερο μπορεί να ενωθεί ξανά. Μπορεί να χρησιμοποιηθεί ένας τύπος προσωρινής χειρουργικής επέμβασης ειλεοστομίας, γνωστή ως ειλεοστομία βρόχου, στην οποία μέρος του εντέρου συνδέεται με μια οπή ή στομία, στην επιφάνεια της κοιλιάς. Αυτό επιτρέπει στα κόπρανα να περάσουν σε μια θήκη ενώ το υπόλοιπο έντερο αφήνεται να επουλωθεί. Η χειρουργική επέμβαση αναστροφής ειλεοστομίας επιτρέπει να κλείσει η στομία και να συνδεθούν τα έντερα για άλλη μια φορά.
Ο ειλεο-πρωκτικός θύλακος είναι ένας τύπος χειρουργικής τεχνικής ειλεοστομίας όπου ένας θύλακας που κατασκευάζεται από έντερα ενώνεται με τους μύες γύρω από τον πρωκτό. Χρησιμοποιείται όταν έχουν αφαιρεθεί τα τελικά μέρη του εντέρου, του παχέος εντέρου και του ορθού και επιτρέπει τη σχετικά φυσιολογική αποβολή των κοπράνων. Εάν δεν μπορεί να δημιουργηθεί ειλεο-πρωκτικός θύλακας, θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ηπειρωτική ειλεοστομία. Σε μια ηπειρωτική ειλεοστομία, ένας θύλακας σχηματίζεται από ιστό του εντέρου και περιέχεται μέσα στην κοιλιά. Καθώς δεν μπορεί να αδειάσει όπως μια εξωτερική θήκη, δημιουργείται μια βαλβίδα στο δέρμα μέσω της οποίας μπορεί να εισαχθεί ένας σωλήνας για την αποστράγγιση του περιεχομένου.