Η μόνη θεραπεία για την ελκώδη κολίτιδα που προσφέρει η συμβατική ιατρική είναι η χειρουργική επέμβαση. Μπορεί να βελτιώσει την ποιότητα ζωής, αλλά δεν είναι σε θέση να εξαλείψει όλες τις επιπλοκές που σχετίζονται με τη νόσο. Έτσι, συχνά χρησιμοποιούνται φάρμακα για τη μείωση των συμπτωμάτων και τον έλεγχο της κατάστασης χωρίς χειρουργική επέμβαση. Η εναλλακτική ιατρική εστιάζει στην πραγματοποίηση ορισμένων διατροφικών αλλαγών και στη χρήση φυσικών θεραπειών ως θεραπεία για την ελκώδη κολίτιδα. Τα συμπληρώματα διατροφής χρησιμοποιούνται επίσης στη φυσική ιατρική ως μέρος της θεραπείας.
Σε ήπιες περιπτώσεις, οι συμβατικοί γιατροί θα συνταγογραφήσουν διαφορετικά φάρμακα που συμβάλλουν στη μείωση των εξάρσεων, στην πρόληψη της επιδείνωσης της κατάστασης και γενικά στη βελτίωση της ποιότητας ζωής του ασθενούς. Επιπλέον, αυτά τα φάρμακα βοηθούν επίσης στη μείωση του κινδύνου καρκίνου, ο οποίος συχνά συνδέεται με την ελκώδη κολίτιδα. Συχνά συνταγογραφούνται αντιφλεγμονώδη φάρμακα επειδή μπορούν να βοηθήσουν στη μείωση της φλεγμονής στο παχύ έντερο καθώς και σε όλο το υπόλοιπο σώμα. Ανοσορυθμιστές, που είναι ανοσοκατασταλτικά, χορηγούνται σε ασθενείς που δεν ανταποκρίνονται καλά στα αντιφλεγμονώδη φάρμακα.
Σε σοβαρές περιπτώσεις, ένας ασθενής μπορεί να χρειαστεί να υποβληθεί σε έναν από τους δύο τύπους χειρουργικών επεμβάσεων. Η ειλεοπρωκτική αναστόμωση είναι μια χειρουργική επέμβαση κατά την οποία αφαιρούνται πλήρως οι επενδύσεις του παχέος εντέρου και του ορθού. Το λαγόνιο, το οποίο είναι το άκρο του λεπτού εντέρου, συνδέεται στη συνέχεια με τον πρωκτό, επιτρέποντας στον ασθενή να συνεχίσει να έχει κενώσεις του εντέρου.
Ο άλλος τύπος χειρουργικής επέμβασης είναι γνωστός ως πρωκτοκολεκτομή και ειλεοστομία, που γίνεται σε περιπτώσεις που το άτομο είναι ευαίσθητο στην αναισθησία. Το κόλον, το ορθό και ο πρωκτός αφαιρούνται πλήρως και το λαγόνιο συνδέεται με ένα μικρό τεχνητό άνοιγμα στο κάτω μέρος της κοιλιάς. Αυτό επιτρέπει την αποστράγγιση των αποβλήτων σε μια ειδική αφαιρούμενη σακούλα γνωστή ως οστομική σακούλα. Αν και η χειρουργική επέμβαση φαίνεται να είναι μια θεραπεία για την ελκώδη κολίτιδα, δεν αντιμετωπίζει επιπλοκές όπως μια λοίμωξη λόγω διαρροής κοπράνων ή απόφραξης στο έντερο.
Οι θεραπείες της ελκώδους κολίτιδας στην εναλλακτική ιατρική περιστρέφονται γύρω από διατροφικές αλλαγές, συμπληρώματα διατροφής και κλύσματα. Οι διατροφικές αλλαγές περιλαμβάνουν την εξάλειψη των πικάντικων τροφών, των επεξεργασμένων τροφίμων όπως η ζάχαρη και το αλεύρι, οι ωμές τροφές, ο καφές και το αλκοόλ. Συνιστάται καθαρισμός του παχέος εντέρου και περιλαμβάνει νηστεία με χυμό και χορήγηση κλύσματος με ζεστό νερό. Μετά τη νηστεία του ασθενούς, τα μαλακά μαγειρεμένα φαγητά, όπως το ρύζι, οι πατάτες, τα λαχανικά στον ατμό και το πλιγούρι βρώμης επανεισάγονται στη διατροφή σε μικρές μερίδες. Αφού αρχίσει να θεραπεύεται η κατάσταση, οι ωμές τροφές επαναφέρονται επίσης σταδιακά.
Η αποκατάσταση της χλωρίδας στα έντερα μπορεί επίσης να βοηθήσει στη θεραπεία της ελκώδους κολίτιδας. Αυτό μπορεί να γίνει με την έγχυση βουτυρογάλακτος και άλλων φιλικών βακτηρίων στο παχύ έντερο. Τα φιλικά βακτήρια μπορούν επίσης να ληφθούν από το στόμα από προβιοτικά, βουτυρόγαλα, γιαούρτι και ξινολάχανο. Μια άλλη φυσική θεραπεία που χρησιμοποιείται ως θεραπεία για την ελκώδη κολίτιδα είναι η χρήση συμπληρωμάτων, όπως οι βιταμίνες A, B, C και D, καθώς και συμπληρώματα ασβεστίου.