Οι διαφορετικοί τύποι θεραπείας της υδρονέφρωσης εξαρτώνται γενικά από τη θέση της απόφραξης, καθώς ο αρχικός στόχος είναι η παροχέτευση τυχόν παγιδευμένων ούρων. Μόλις αφαιρεθούν τα ούρα, η εστίαση της θεραπείας αλλάζει στη διασφάλιση ότι το πρόβλημα δεν θα επανεμφανιστεί. Η θεραπεία της υδρονέφρωσης συνήθως ξεκινά είτε με έναν καθετήρα ή έναν σωλήνα που εισάγεται στο σώμα προκειμένου να αποστραγγιστεί το υγρό. Μόλις ολοκληρωθεί αυτό, η απόφραξη συχνά χρειάζεται να αφαιρεθεί συνήθως μέσω χειρουργικής επέμβασης.
Η αφαίρεση τυχόν παγιδευμένων ούρων και η ανακούφιση από την πίεση στα νεφρά είναι ο πρωταρχικός στόχος της θεραπείας της υδρονέφρωσης, καθώς αυτό είναι σημαντικό για την πρόληψη της νεφρικής βλάβης. Συχνά αυτό επιτυγχάνεται μέσω ενός καθετήρα που εισάγεται στην κύστη. Ωστόσο, η θεραπεία για τη συσσώρευση ούρων περιλαμβάνει μερικές φορές την εισαγωγή μαλακών σωλήνων απευθείας στο νεφρό. Στις περισσότερες περιπτώσεις, μια απόφραξη στο ανώτερο ουροποιητικό σύστημα απαιτεί έναν σωλήνα ενώ μια απόφραξη στο κάτω τμήμα απαιτεί καθετήρα.
Η αποστράγγιση ούρων από το εσωτερικό του νεφρού είναι ένα ουσιαστικό μέρος της θεραπείας της υδρονέφρωσης, αλλά δεν αντιμετωπίζει το υποκείμενο πρόβλημα. Το μπλοκάρισμα συνήθως χρειάζεται να αφαιρεθεί, διαφορετικά τα ούρα θα συσσωρευτούν ξανά με την πάροδο του χρόνου. Δεν απαιτούν όλες οι περιπτώσεις χειρουργική επέμβαση, αλλά η πλειοψηφία χρειάζεται.
Όπως και με τη διαδικασία παροχέτευσης, το είδος της χειρουργικής επέμβασης για την υδρονέφρωση εξαρτάται από τη θέση της απόφραξης. Ωστόσο, η θεραπεία της υδρονέφρωσης για την εξάλειψη της απόφραξης είναι απαραίτητη. εάν αφεθεί για μεγάλο χρονικό διάστημα, η πάθηση μπορεί να προκαλέσει μόνιμη νεφρική βλάβη. Στο παρελθόν χρησιμοποιήθηκαν τεχνικές ανοιχτής ή λαπαροσκοπικής χειρουργικής, αλλά η ενδοσκοπική χειρουργική είναι πλέον πιο συχνή για αυτή την πάθηση και συνήθως είναι λιγότερο επεμβατική.
Εάν η απόφραξη προκαλείται από στένωση του ουρητήρα, ο οποίος είναι ένας σωλήνας που μεταφέρει τα ούρα στην ουροδόχο κύστη, τότε μπορεί να χρειαστεί χειρουργική επέμβαση για την αφαίρεση αυτού του τμήματος. Εάν η πάθηση προκαλείται από πέτρα στο νεφρό, τότε συχνά απαιτείται αφαίρεση. Πολλοί άνθρωποι κάνουν πλήρη ανάρρωση από τη χειρουργική επέμβαση υδρονέφρωσης, αρκεί η πάθηση να εντοπιστεί σχετικά νωρίς.
Η κατάλληλη θεραπεία εξαρτάται επίσης από τη σοβαρότητα της κατάστασης και από το εάν είναι χρόνια ή οξεία. Εάν η πάθηση είναι χρόνια, πράγμα που σημαίνει ότι συσσωρεύεται αργά, τότε η θεραπεία συνήθως δεν είναι επείγουσα, αλλά θα χρειαστεί να συμβεί σε κάποιο στάδιο. Εάν τα συμπτώματα είναι πιο έντονα, η παροχέτευση των ούρων μπορεί να χρειαστεί να γίνει πιο γρήγορα για να αποφευχθεί η μακροχρόνια βλάβη στα νεφρά.