Παραμένουν ερωτήματα σχετικά με το εάν η βρεφική χειροπρακτική φροντίδα είναι ασφαλής. Τα περισσότερα βρέφη που λαμβάνουν χειροπρακτική φροντίδα δεν παρουσιάζουν αρνητικές επιπτώσεις, αλλά υπάρχει πιθανότητα τραυματισμού. Γενικά, οι σπονδυλικές στήλες των βρεφών αγγίζονται απαλά, χωρίς το σκάσιμο ή το ράγισμα που χρησιμοποιείται στους ενήλικες για την επίτευξη ευθυγράμμισης της σπονδυλικής στήλης. Πολλοί χειροπράκτες επιμένουν όχι μόνο στην ασφάλεια της βρεφικής χειροπρακτικής φροντίδας αλλά και στην αποτελεσματικότητά της και υποστηρίζουν ότι η ευθυγράμμιση της σπονδυλικής στήλης μπορεί να βοηθήσει ένα μωρό να αναπτυχθεί πιο υγιή και να θεραπεύσει προβλήματα όπως η προδιάθεση για λοιμώξεις του μέσου ωτός και κολικούς.
Το ζήτημα της ασφάλειας της βρεφικής χειροπρακτικής φροντίδας μπορεί να είναι πιο προβληματικό όταν οι χειροπράκτες βγαίνουν έξω από το πεδίο της πρακτικής τους για να θεραπεύσουν βρέφη. Μια λοίμωξη του αυτιού, ιδιαίτερα βακτηριακής φύσης, θα αντιμετωπιζόταν πολύ καλύτερα από γιατρό, ειδικά επειδή τα βρέφη είναι ιδιαίτερα ευάλωτα σε βακτηριακή λοίμωξη. Η ευθυγράμμιση της σπονδυλικής στήλης για τη θεραπεία ασθενειών που δεν έχουν καμία σχέση με την ευθυγράμμιση της σπονδυλικής στήλης (τουλάχιστον όπως υποστηρίζουν πολλοί γενικοί ιατροί) είναι ίσως ανεύθυνη και μπορεί να παραμελήσει την απαραίτητη θεραπεία από επαγγελματίες γιατρούς που είναι πιο κατάλληλοι για την αντιμετώπιση ορισμένων ζητημάτων.
Υπάρχει επίσης κάποια ερώτηση σχετικά με τον βαθμό στον οποίο όλοι οι χειροπράκτες είναι κατάλληλοι για τη θεραπεία των βρεφών. Μερικές μελέτες που διεξήχθησαν από τις δεκαετίες 1970-1990 δείχνουν ότι πολλοί χειροπράκτες δίνουν εντελώς διαφορετικές διαγνώσεις για το ίδιο παιδί. Μια αξιομνημόνευτη μελέτη το 1994 που διεξήχθη από το ειδησεογραφικό πρόγραμμα 20/20 ακολούθησε, με κρυφή κάμερα, την επίσκεψη ενός μωρού σε εννέα χειροπράκτες στη Νέα Υόρκη, και ο καθένας κατέληξε σε διαγνώσεις που ήταν σημαντικά διαφορετικές μεταξύ τους. Ενώ ένα μεμονωμένο ανέκδοτο δεν μπορεί να αποδείξει την ασφάλεια ή τον κίνδυνο της βρεφικής χειροπρακτικής φροντίδας, η έκθεση υποδηλώνει ότι παρά την αδειοδότηση, δεν μπορεί να είναι ίση όλη η χειροπρακτική φροντίδα.
Πρέπει να λάβετε την ίδια προφύλαξη και με τους MD. Ορισμένοι γιατροί είναι θλιβερά ανίκανοι σε αντίθεση με τους συνομηλίκους τους. Η λήψη κριτικών από άλλα άτομα, η διαβεβαίωση ότι ένας γιατρός έχει άδεια και ο έλεγχος της άδειας για να βεβαιωθείτε ότι είναι ενημερωμένη είναι ένας καλός τρόπος για να ξεκινήσετε την επιλογή παιδίατρου για το μωρό σας.
Δεν πρέπει να λαμβάνεται λιγότερη προσοχή εάν πιστεύετε ότι το παιδί σας θα ωφεληθεί από τη βρεφική χειροπρακτική φροντίδα. Θα πρέπει να συνεργαστείτε προσεκτικά με τον παιδίατρο του παιδιού σας ή τον μαιευτήρα σας για να επιλέξετε έναν αξιόπιστο, ικανό χειροπράκτη που δεν θα αγνοήσει πιθανές αιτίες για ασθένειες που θα μπορούσαν να αντιμετωπιστούν καλύτερα από τον παιδίατρο του παιδιού σας. Θα πρέπει επίσης να δώσετε προσοχή στο εάν η χειροπρακτική φροντίδα είναι πράγματι χρήσιμη για το παιδί σας. Ενώ οι χειροπράκτες υποστηρίζουν ότι όλα τα βρέφη πρέπει να έχουν χειροπρακτική φροντίδα, υπάρχουν πολλοί γιατροί που βρίσκουν μια τέτοια θεραπεία περιττή.