Ο ψεκασμός φυτοφαρμάκου μπορεί να είναι επικίνδυνος για τον άνθρωπο, όπως θα το επιβεβαιώσει σχεδόν οποιοδήποτε κουτάκι σκοτών που πωλείται σε κατάστημα υλικού ή οικιακών βελτιώσεων. Οι περισσότερες μάρκες φυτοφαρμάκων συνιστούν προσεκτικούς ψεκασμούς ή μεθόδους εφαρμογής και περιέχουν προειδοποιήσεις σχετικά με τη χρήση. Οι ψεκασμοί μεγάλης κλίμακας που μπορεί να γίνονται σε αγροκτήματα μπορεί να είναι επίσης επικίνδυνοι, όπως αποδεικνύεται από έναν αριθμό προβλημάτων υγείας όπως η ανάπτυξη καρκίνου σε υψηλότερα ποσοστά μεταξύ των εργαζομένων σε αγροκτήματα και μεταξύ εκείνων που ζουν κοντά σε αγροκτήματα.
Αυτό που δεν μπορεί πάντα να προσδιοριστεί είναι το μέγεθος του κινδύνου που προκαλεί ο ψεκασμός ενός φυτοφαρμάκου. Αυτός είναι εν μέρει ο λόγος που πολλές μεγάλες φάρμες εξακολουθούν να χρησιμοποιούν αυτές τις ουσίες για να προστατεύουν τις καλλιέργειες και γιατί πολλοί κηπουροί τις χρησιμοποιούν επίσης. Ωστόσο, υπάρχουν σαφείς ενδείξεις ότι ορισμένα φυτοφάρμακα δεν διαχέονται απαραίτητα. Ενδέχεται να παραμείνουν στα τρόφιμα πολύ καιρό μετά τον ψεκασμό τους και μπορεί να δημιουργήσουν δυνητικούς κινδύνους για την υγεία ολόκληρης της κοινότητας ανθρώπων και ζώων.
Πολλοί άνθρωποι ειδοποιήθηκαν για τους πιθανούς κινδύνους των φυτοφαρμάκων όταν μελέτες για το προϊόν DDT (διχλωρο-διφαινυλο-τριχλωροαιθυλένιο), το οποίο χρησιμοποιήθηκε ευρέως ως φυτοφάρμακο μέχρι τη δεκαετία του 1970, αποκάλυψαν ότι αυτό το προϊόν επηρέαζε ανθρώπους και ζώα. Για τους ανθρώπους, το DDT θα μπορούσε να προκαλέσει αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του ήπατος, αναπνευστικά προβλήματα, βλάβη στο κεντρικό νευρικό σύστημα και δυσκολία στην αναπαραγωγή. Μερικοί πληθυσμοί πτηνών σχεδόν καταστράφηκαν από την ευρεία χρήση αυτής της χημικής ουσίας και το 1972 ορισμένες χώρες απαγόρευσαν τη χρήση της, αν και υπάρχουν ακόμα κάποιες που τη χρησιμοποιούν. ψάρια που καταναλώθηκαν, ακόμη και υπήρχαν στο ανθρώπινο μητρικό γάλα.
Άλλα φυτοφάρμακα που χρησιμοποιούνται σήμερα μπορεί να θεωρούνται ασφαλέστερα από το DDT, αλλά υπάρχουν πολλές περιβαλλοντικές ομάδες που υποστηρίζουν το αντίθετο και έχουν σημαντικά δεδομένα δοκιμών για να δείξουν επιπτώσεις στον άνθρωπο και το περιβάλλον τους. Επιπλέον, είναι σημαντικό να κατανοήσουμε ότι ακόμη και αν ένα φυτοφάρμακο δεν έχει άμεση επίδραση σε έναν άνθρωπο, μπορεί να αποτελεί κίνδυνο για τον άνθρωπο. Όταν οι χημικές ουσίες σχεδιάζονται για να μειώσουν τον πληθυσμό των εντόμων, μπορεί να δημιουργήσουν περιβαλλοντικό πρόβλημα για όλα τα είδη. Οι μειωμένοι πληθυσμοί εντόμων θα μπορούσαν να οδηγήσουν σε μειωμένους πληθυσμούς ζώων που τρέφονται με αυτά, και αυτό μπορεί τελικά να επηρεάσει σε μεγάλο βαθμό την τροφική αλυσίδα ή τον τρόπο με τον οποίο λειτουργεί ένα περιβάλλον για τη διατήρηση όλων των ειδών.
Φυσικά, οι περισσότεροι αγρότες έχουν κίνητρο να ψεκάζουν φυτοφάρμακα επειδή συμβάλλει στην αύξηση της ποιότητας και της ποσότητας των καλλιεργειών και ορισμένα φυτοφάρμακα προστατεύουν τους ανθρώπινους πληθυσμούς εξαλείφοντας ορισμένα σφάλματα που μπορεί να θέτουν σε κίνδυνο την υγεία. Από την άλλη πλευρά, τα στοιχεία δείχνουν ότι απλώς δεν είναι αρκετά γνωστά για τα πολλά φυτοφάρμακα που χρησιμοποιούνται και τις εκτεταμένες περιβαλλοντικές επιπτώσεις τους. Ακόμη και ασφαλέστερα φυτοφάρμακα που χρησιμοποιούνται σε εγκεκριμένες βιολογικές εφαρμογές θα μπορούσαν να έχουν κάποια επίδραση στους πληθυσμούς ανθρώπων, φυτών ή ζώων και υπάρχει μεγάλη αμφισβήτηση σχετικά με το τι πραγματικά συνιστά βιολογικές μεθόδους καλλιέργειας.
Ένας άλλος παράγοντας που πρέπει να σταθμιστεί είναι ότι μερικοί άνθρωποι μπορεί να είναι πολύ πιο ευαίσθητοι σε ορισμένες χημικές ουσίες από άλλους. Το ζήτημα εάν ο ψεκασμός ενός φυτοφαρμάκου είναι επικίνδυνος για τον άνθρωπο μπορεί να εξατομικευτεί σε μεγάλο βαθμό. Μερικοί άνθρωποι δεν μπορούν, για παράδειγμα, να ζουν κοντά σε περιοχές όπου γίνεται ευρεία χρήση φυτοφαρμάκων λόγω περιβαλλοντικών ασθενειών που τους καθιστά πολύ άρρωστους όταν χρησιμοποιούνται χημικά για τον έλεγχο των παρασίτων.
Οι περιβαλλοντολόγοι συνηγορούν υπέρ της σημαντικής μείωσης ή/και εξάλειψης του χημικού ψεκασμού. Άλλοι αναζητούν μια μέση λύση, όπου η περισσότερη χρήση φυτοφαρμάκων θα είναι μειωμένη ή πολύ αυστηρά ελεγχόμενη. Ωστόσο, άλλες ομάδες πιστεύουν ότι τα περισσότερα φυτοφάρμακα που χρησιμοποιούνται σήμερα είναι ασφαλή για τον άνθρωπο. Ωστόσο, τα στοιχεία σε αυτόν τον τομέα τείνουν να μην υποστηρίζουν πάντα αυτήν την πεποίθηση.