Τα χημικά φυτοφάρμακα έρχονται σε διάφορες μορφές, όπως τα ζιζανιοκτόνα, τα οποία σκοτώνουν τα φυτά. εντομοκτόνα, που σκοτώνουν τα έντομα. και φιλοκτόνα, που σκοτώνουν τα πουλιά. Ενδέχεται να επηρεάσουν αρνητικά τον αέρα, το νερό και το έδαφος, τα οποία με τη σειρά τους θα επηρεάσουν τη ζωή των ανθρώπων και των ζώων. Όχι μόνο προκύπτει ρύπανση από την εφαρμογή αυτών των χημικών ουσιών, αλλά μπορεί επίσης να προκύψει από ακατάλληλη αποθήκευση, ατυχήματα κατά την παραγωγή και ακατάλληλη χρήση.
Ο πιο συνηθισμένος τρόπος με τον οποίο ο αέρας μολύνεται από χημικά φυτοφάρμακα είναι τα σωματίδια που μεταφέρονται από τον άνεμο σε άλλες περιοχές. Αυτό είναι ιδιαίτερα κοινό όταν χρησιμοποιείται αεροψεκασμός. Τα σωματίδια προσκολλώνται στη σκόνη στον αέρα και στη συνέχεια μεταφέρονται από τον άνεμο σε άλλες περιοχές, μολύνοντας ίσως την άγρια ζωή και άλλα φυτά. Εάν πρέπει να χρησιμοποιηθούν χημικά φυτοφάρμακα, είναι δυνατό να ληφθούν μέτρα για να αποτραπεί η εξάπλωση του υλικού από τον αέρα. Η διατήρηση ενός ορίου δέντρων γύρω από την περιοχή που ψεκάζεται μπορεί να εμποδίσει την εξάπλωση μεγάλου μέρους των χημικών φυτοφαρμάκων.
Τα χημικά φυτοφάρμακα μπορεί επίσης να βρουν το δρόμο τους σε ρυάκια, ποτάμια, πηγάδια και υπόγεια ύδατα. Αυτό μπορεί να συμβεί από διαρροή λόγω ακατάλληλης αποθήκευσης, απορροής περίσσειας φυτοφαρμάκων και χημικών ουσιών που εκπλένονται από το έδαφος στα υπόγεια ύδατα. Περιοχές που βρίσκονται κοντά σε υδάτινα σώματα διατρέχουν ακόμη μεγαλύτερο κίνδυνο. Όπως και με την ατμοσφαιρική ρύπανση από χημικά φυτοφάρμακα, μπορεί να ληφθούν μέτρα για να αποτραπεί η ρύπανση του νερού σε μεγάλες ποσότητες, όπως η διασφάλιση ότι φυτεύεται επαρκής αριθμός καλλιεργειών τη στιγμή της εφαρμογής και η προσπάθεια αποφυγής ψεκασμού φυτοφαρμάκων ακριβώς πριν από τις βροχοπτώσεις.
Πολλοί άνθρωποι πιστεύουν ότι η χρήση χημικών φυτοφαρμάκων υποβαθμίζει την ποιότητα του εδάφους στις γεωργικές εκτάσεις. Τα υλικά στα φυτοφάρμακα μπορεί να προκαλέσουν την παρουσία λιγότερων φυσικών κατοίκων του εδάφους, γεγονός που μπορεί να αλλάξει τη χημική σύνθεση του εδάφους. Επιπλέον, εάν το φυτοφάρμακο παραμείνει στο έδαφος, όχι μόνο μπορεί να υποβαθμίσει την ποιότητα του εδάφους, αλλά μπορεί επίσης να εκπλυθεί στα υπόγεια ύδατα ή να παρασυρθεί από τον άνεμο.
Όλα αυτά τα μέσα εξάπλωσης της ρύπανσης που προκαλείται από χημικά φυτοφάρμακα ενδέχεται να επηρεάσουν τον άνθρωπο και την άγρια ζωή. Μπορεί να μπει στο πόσιμο νερό τους, μέσα ή πάνω στο φαγητό τους και στο δέρμα τους, κάτι που μπορεί να τους κάνει να αρρωστήσουν. Ανάλογα με τα επίπεδα ρύπανσης, μπορεί επίσης να χαθούν ζωές. Για το λόγο αυτό, πρέπει να λαμβάνεται μέριμνα κάθε φορά που χρησιμοποιούνται ή αποθηκεύονται χημικά φυτοφάρμακα, προκειμένου να προκληθεί η μικρότερη ζημιά στους γύρω οργανισμούς.