Η εισαγωγή του ποπ κορν μικροκυμάτων κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 1980 φαινόταν σαν μια φυσική εξέλιξη μετά την επιτυχία του ποπ κορν μαγειρικής και του ποπ κορν με αέρα. Ένας καταναλωτής θα τοποθετούσε μια διπλωμένη σακούλα που περιέχει λάδι, αρώματα και πυρήνες ποπ κορν σε ένα φούρνο μικροκυμάτων για λίγα λεπτά. Τα αποτελέσματα θα μπορούσαν να είναι μεταβλητά, από μια μισοσκισμένη σακούλα έως μια σακούλα καπνίσματος με άνθρακα, αλλά γενικά, το ποπ κορν μικροκυμάτων ήταν παρόμοιο με άλλες μορφές ποπ κορν και έγινε σε πολύ λιγότερο χρόνο.
Ερωτήματα σχετικά με την ασφάλεια του ποπ κορν μικροκυμάτων άρχισαν να δημιουργούνται όταν αρκετοί εργαζόμενοι σε εργοστάσιο ποπ κορν άρχισαν να αναφέρουν σοβαρά αναπνευστικά προβλήματα ενώ εργάζονταν με τις χημικές ουσίες που χρησιμοποιούνται για την επεξεργασία του ποπ κορν. Συγκεκριμένα, μια χημική ουσία γνωστή ως διακετύλιο ήταν το ύποπτο ερεθιστικό. Το Diacetyl χρησιμοποιείται για να δημιουργήσει μια βουτυρώδη γεύση σε διάφορα καρυκεύματα και επεξεργασμένα τρόφιμα, συμπεριλαμβανομένης της τεχνητής γεύσης βουτύρου που χρησιμοποιείται για ποπ κορν μικροκυμάτων. Μικρές ποσότητες διακετυλίου δεν θεωρούνται τοξικές, αλλά όταν θερμαίνονται σε εργοστασιακή κλίμακα οι αναθυμιάσεις μπορούν να προκαλέσουν μια αναπνευστική πάθηση γνωστή ως πνεύμονας ποπ κορν.
Όταν δημοσιοποιήθηκε η έκθεση των εργαζομένων στο ποπ κορν στο διακετύλιο, πολλοί επαγγελματίες υγείας ανησυχούσαν για την ασφάλεια του ποπ κορν μικροκυμάτων σε επίπεδο καταναλωτή. Η FDA και άλλες υπηρεσίες προσδιόρισαν ότι η ποσότητα διακετυλίου που περιέχεται σε μια μέση σακούλα δεν έφτασε σε τοξικά επίπεδα, αν και οι επικριτές αμφισβήτησαν την εγκυρότητα αυτών των ευρημάτων αφού ανακάλυψαν ότι είχαν πραγματοποιηθεί ελάχιστες έως καθόλου δοκιμές σε επίπεδο καταναλωτή. Σχεδόν όλες οι αναφερόμενες περιπτώσεις πνεύμονα ποπ κορν εμφανίστηκαν σε εργαζόμενους σε εργοστάσιο ποπ κορν, αλλά ένας καταναλωτής που έτρωγε δύο σακούλες ποπ κορν κάθε μέρα και συνήθως μύριζε τους αναθυμιάσεις, προσβλήθηκε από μια πιο ήπια μορφή της νόσου.
Εάν υπάρχει οποιοσδήποτε κίνδυνος που σχετίζεται με το ποπ κορν μικροκυμάτων, είναι περισσότερο παρών όταν η σακούλα ανοίγει για πρώτη φορά και διαφεύγουν οι θερμαινόμενοι καπνοί. Η εισπνοή αυτών των αναθυμιάσεων θα εκθέσει τον καταναλωτή στο υψηλότερο δυνατό επίπεδο διακετυλίου σε επίπεδο καταναλωτή. Αυτό μπορεί να προκαλέσει βλάβη στις μικρότερες διόδους αέρα στους πνεύμονες του καταναλωτή ή να προκαλέσει μια προϋπάρχουσα κρίση άσθματος. Τα μικρά παιδιά και τα άτομα με μειωμένη πνευμονική ικανότητα μπορεί επίσης να έχουν ανεπιθύμητη αντίδραση αφού εισπνεύσουν τις πρώτες αναθυμιάσεις μιας ζεστής σακούλας ποπ κορν μικροκυμάτων.
Άλλα συστατικά που περιέχονται στο ποπ κορν μικροκυμάτων δεν θεωρούνται τοξικά, αν και ορισμένοι ειδικοί στον τομέα της υγείας θα προειδοποιούσαν κατά της κατανάλωσης υψηλών επιπέδων νατρίου ή μερικώς υδρογονωμένων ελαίων. Χρησιμοποιεί γενικά πιο υγιεινά έλαια από αυτά που σερβίρονται σε κινηματογραφικές αίθουσες ή στα περίπτερα με εκπτώσεις ορισμένα ποπ κορν σε στυλ ταινίας. Η αποφυγή της προσθήκης τεχνητού βουτύρου ή επιπλέον αλατιού είναι πάντα μια καλή ιδέα για ένα πιο υγιεινό σνακ.