To, co dzieje się podczas dochodzenia w sprawie przemocy wobec dzieci, przynajmniej w określonych warunkach, znacznie się różni w zależności od jurysdykcji. Wydarzenia, które stanowią śledztwo w sprawie wykorzystywania dzieci w Stanach Zjednoczonych, różnią się od tych w Kanadzie, Australii, Francji czy Hiszpanii. Podobnie procedury dochodzeniowe między lokalnymi gminami różnią się w zależności od prawa stanowego lub lokalnego, polityki agencji i innych czynników. Chociaż szczegóły mogą się różnić, podstawowe zasady są takie same. Dochodzenie w sprawie wykorzystywania dzieci na ogół obejmuje zebranie faktów dotyczących zgłoszonych przypadków wykorzystywania, historii rodzinnych, historii prawnych lub kryminalnych zaangażowanych osób dorosłych, dokumentacji medycznej i historii, a także osobistych rozmów, ocen psychologicznych i ustaleń dotyczących bezpieczeństwa.
Bez względu na konkretne lokalne przepisy mające zastosowanie w przypadku podejrzenia o wykorzystywanie dzieci, przeszkoleni specjaliści zazwyczaj zaczynają od dokumentacji dotyczącej zgłoszonego incydentu. Na przykład pracownik socjalny może przejrzeć dokumentację medyczną z wizyty w izbie przyjęć lub raporty policyjne dotyczące wezwania do przemocy domowej. Drugi krok obejmuje zazwyczaj osobiste rozmowy z rodzicami, opiekunami, pracownikami medycznymi lub szkolnymi, a także z dzieckiem i jego rodzeństwem. Podczas rozmów z podejrzanymi ofiarami nadużycia, osoba przeprowadzająca wywiad często szuka oznak nadużyć wobec dzieci, czy to fizycznych, psychicznych czy seksualnych, i robi zdjęcia wszelkich wątpliwych obrażeń lub identyfikuje oznaki nadużycia. Przeglądając zapisy i przeprowadzając wstępne przesłuchania, pracownik socjalny lub funkcjonariusz organów ścigania może określić kolejne kroki w procesie dochodzenia.
Niektóre gminy posiadają przepisy regulujące, co musi się wydarzyć podczas dochodzenia w sprawie wykorzystywania dzieci. W takich przypadkach strony odpowiedzialne często muszą wykonać określone kroki w określonej kolejności lub zgodnie z wcześniej określonymi kryteriami. Inne gminy pozostawiają przebieg dochodzenia w sprawie molestowania dzieci do wydania orzeczenia przez przedstawiciela jakiejkolwiek agencji prowadzącej dochodzenie. W Stanach Zjednoczonych dokładny przebieg dochodzenia w sprawie wykorzystywania dzieci nie jest wymagany. Raczej opiekunowie mają określony czas, w którym muszą zakończyć dochodzenie i podjąć decyzję w sprawie potrzeb dziecka.
Na przykład, według amerykańskiego Departamentu Opieki Społecznej, agencji nadzoru Departamentu Usług dla Rodziny i Dzieci (DFCS), przepisy stanowią, że po zgłoszeniu przez obywatela krzywdzenia dzieci odpowiednim agencjom, DFCS ma 24 godziny na rozpoczęcie formalnego dochodzenia. W ciągu 30 dni śledztwo w sprawie molestowania dziecka musi zostać zakończone i wydane zostanie zalecenie dotyczące dobrego samopoczucia i bezpieczeństwa dziecka. Podczas 30-dniowego okresu śledczego pracownicy DFCS muszą przeprowadzać osobiste rozmowy z ofiarami, sprawcami i rodzicami; odwiedzić dom dziecka; przeglądać całą niezbędną dokumentację i zapisy historyczne; rozszerzyć wywiady na sąsiadów, nauczycieli i dalszą rodzinę; dokonać profesjonalnej oceny bezpieczeństwa dziecka, prawdopodobieństwa przyszłych nadużyć oraz potrzeb rodziny.
W Wielkiej Brytanii większość agencji zajmujących się dochodzeniem w sprawie wykorzystywania dzieci stosuje podejście wspólne. Oznacza to, że specjaliści organów ścigania współpracują ze specjalistami zajmującymi się ochroną dzieci w celu przeprowadzenia dochodzenia. W takich przypadkach funkcjonariusz organów ścigania może wstępnie ocenić stan dziecka pod kątem oznak nadużycia i zabezpieczyć miejsce podejrzenia nadużycia. W miarę postępu śledztwa w sprawie wykorzystywania dzieci, personel zajmujący się ochroną dzieci pomaga w przesłuchaniach osobistych i wszelkich niezbędnych ocenach psychologicznych, w zależności od konkretnej jurysdykcji.