Perły występują w różnych kolorach i odcieniach, od bieli, kremu i różu po czerń z odcieniami niebieskiego, zielonego lub fioletowego. Za kolor perły odpowiada wiele czynników, ale w dużej mierze zależy to od przypadku. Ostryga o czarnych wargach zwykle nie tworzy białej perły, a inne ostrygi bardzo rzadko wytwarzają czarną perłę. Poza tym nie ma jednak pewności co do koloru pereł, których można się spodziewać z określonych ostryg lub z określonych obszarów.
Materiał tworzący perłę, znany jako masa perłowa, jest wydzielany przez ostrygę w odpowiedzi na drażniące wnętrze muszli. Perły naturalne są niezwykle rzadkie i drogie i składają się z koncentrycznych warstw masy perłowej wokół prawdopodobnie mikroskopijnego oryginalnego środka drażniącego, takiego jak kawałek piasku. Perły hodowlane są wytwarzane przez wprowadzenie jądra muszli, zazwyczaj idealnie okrągłego i pozwalającego na uformowanie się wokół niego kilku warstw masy perłowej.
Czynniki, które wpływają na kolor perły, to rodzaj ostrygi, grubość i liczba warstw masy perłowej oraz prawdopodobnie pierwiastki śladowe w środowisku wodnym ostrygi. Wytwórca pereł może również w pewnym stopniu wpływać na kolor perły, wprowadzając tkankę innej ostrygi do żywiciela ostrygi wraz z jądrem muszli. Kolor perły jest determinowany przez kombinację czynników: kolor bazowy, tonację i opalizację. Perły hodowlane są również czasami farbowane.
Im grubsza masa perłowa, tym bogatszy będzie kolor perły i tym bardziej będzie błyszczeć. Cienka masa perłowa tworzy mleczną perłę z kilkoma odcieniami. Opalizująca perła jest spowodowana nakładającymi się warstwami półprzezroczystej masy perłowej.
Kolor perły może, ale nie musi wpływać na jej koszt, chociaż jednolitość koloru sprawia, że perły są bardziej wartościowe. Kiedyś czarne perły były dość rzadkie i bardzo cenne, ale obecnie są hodowane i dzięki temu znacznie szerzej dostępne. Perły naturalne białe są rzadsze i cenniejsze niż czarne perły hodowlane. Najlepszy kolor jest w dużej mierze kwestią osobistego wyboru lub tego, co najbardziej pasuje do odcienia skóry, chociaż istnieją preferencje regionalne i mogą wpływać na cenę.