W ostrygach rosną zarówno perły naturalne, jak i hodowlane. Jednak perły naturalne tworzą się naturalnie w ostrygach, podczas gdy perły hodowlane powstają w ostrygach przez ludzkie wszczepienie jądra. Inną główną różnicą między nimi jest to, że naturalna perła ma grubsze warstwy masy perłowej lub masy perłowej niż perła hodowlana.
Warstwy masy perłowej uformowane na wszystkich perłach składają się z mikroskopijnych kryształów. Opalizujące wykończenie pereł wynika z idealnego ułożenia kryształów, tak aby odbijały światło. Masa perłowa składa się w 90% z węglanu wapnia i 10% z wody i innych substancji organicznych. Zewnętrzna warstwa perły może wyglądać zupełnie inaczej między perłami naturalnymi i hodowlanymi; perły naturalne są często mniej opalizujące niż perły hodowlane.
Perły naturalne i hodowlane również mogą wyglądać bardzo odmiennie w środku. Czasami wystarczy silne światło, aby zobaczyć wnętrze perły, ale zwykle wewnętrzne warstwy perły można zobaczyć tylko za pomocą specjalnego sprzętu rentgenowskiego. Perły hodowlane często mają wąską brązową linię wokół jądra, podczas gdy perły naturalne nie mają żadnego z tych pierścieni wzrostu.
Japończycy wymyślili proces metody jądra w zbieraniu pereł. Jądro wszczepione do ostrygi przez ludzi jest zwykle większe niż naturalna perła, ponieważ warstwy masy perłowej nie będą tak grube w perle hodowlanej. W przeciwnym razie ostryga pokrywa się masą perłową, aby chronić się przed obcym środkiem drażniącym.
Wbrew powszechnemu mniemaniu ziarnko piasku zwykle nie jest wystarczająco drażniące dla ostrygi, by uformować z niej perłę. Perły naturalne często powstają z rybiej łuski, pasożyta lub kawałka muszli. Zarówno perły naturalne, jak i hodowlane są poszukiwane na dzisiejszym rynku, ale większość sprzedawanych obecnie pereł to perły hodowlane. O ile perły nie mają więcej niż 80 lat, jest duża szansa, że są hodowane, a nie naturalne.
Perły naturalne są rzadkie, a większość mięczaków zdolnych do produkcji pereł prawie wyginęła z powodu polowania na perły w XIX wieku. Bahrajn jest jednym z nielicznych pozostałych krajów, w których poławiacze pereł szukają naturalnych pereł. Każdy rodzaj pereł może być drogi, ponieważ nie każda ostryga je produkuje. Tylko jedna na 1800 10,000 ostryg wyprodukuje perłę, a tylko nieliczne będą miały pożądany połysk i kształt.
Wygląd pereł zarówno naturalnych, jak i hodowlanych zależy nie tylko od czynnika drażniącego, ale także od warunków wodnych i pokarmowych, w których żyje ostryga. Niektórzy chińscy hodowcy pereł uprawiają hodowlane perły słodkowodne, które są bardzo grube w masie perłowej, ponieważ poruszają jądrem perły, gdy rośnie w ostrydze, dzięki czemu uzyskany kształt będzie bardziej zaokrąglony. Perły Akoya to perły hodowlane produkowane przez małe japońskie ostrygi. Zaokrąglone koraliki są wszczepiane w ostrygi, dzięki czemu perły Akoya są zwykle znacznie bardziej okrągłe niż większość hodowlanych pereł słodkowodnych.