Koszt etanolu można ustalić, rozkładając produkty i usługi wykorzystywane do produkcji tego paliwa alternatywnego. W większości przypadków wytworzenie etanolu o jakości paliwowej wymaga źródła skrobi, zakładu produkcyjnego i dodatków w celu przekształcenia skrobi w cukier i usunięcia wody z etanolu. Inne czynniki przyczyniające się do kosztów etanolu mogą obejmować transport paliwa i konserwację zakładu produkującego etanol.
Najpopularniejszym źródłem skrobi wykorzystywanym do produkcji etanolu jest kukurydza. Kukurydza może być uprawiana wyłącznie w celu produkcji etanolu lub zarówno do etanolu, jak i do spożycia przez ludzi. Nie ma różnicy między kukurydzą etanolową a kukurydzą zatwierdzoną do użytku jako źródło żywności. Koszt etanolu będzie się różnić w zależności od aktualnej ceny rynkowej kukurydzy lub jakiejkolwiek innej formy skrobi używanej do produkcji paliwa etanolowego.
Zakłady produkcyjne muszą przetworzyć skrobię z kukurydzy lub innego źródła na etanol. Obiekty te mogą być wyposażone w gorzelnie, kadzie fermentacyjne oraz kadzie służące do mieszania. Pożądana wydajność takiej biorafinerii może wpłynąć na wielkość sprzętu używanego do produkcji etanolu. Czynniki te należy wziąć pod uwagę przy ustalaniu kosztu etanolu.
Aby przekształcić skrobię wykorzystywaną do produkcji etanolu w czysty alkohol, potrzebne są enzymy i dodatki. Od 2005 roku jednym z najnowszych enzymów stosowanych do przekształcania skrobi kukurydzianej w cukier była alfa-amylaza. Inne potrzebne dodatki mogą obejmować mikroorganizmy przekształcające cukier w alkohol, a także materiały absorbujące do usuwania wody z etanolu pod koniec produkcji. Wszystkie te materiały mogą przyczynić się do całkowitego kosztu etanolu.
Po wyprodukowaniu etanolu może zaistnieć potrzeba przeniesienia biopaliwa do magazynu lub obiektu służącego do mieszania etanolu z tradycyjną benzyną. Wiele miast wymaga mieszania paliwa w proporcji 10% etanolu do 90% benzyny w celu zmniejszenia emisji gazów cieplarnianych z samochodów wykorzystujących to paliwo. Etanol można również mieszać w stosunku 85% etanolu do 15% benzyny, w wyniku czego otrzymuje się tak zwany etanol E85. Koszty transportu mogą również zmienić koszt etanolu.
Produkcja etanolu wymaga również utrzymania biorafinerii. Pracownicy często pracują nad produkcją etanolu i utrzymaniem pełnej wydajności biorafinerii. Konserwacja maszyn wykorzystywanych na każdym etapie produkcji etanolu może wymagać systematycznego czyszczenia, napraw i aktualizacji w celu dalszego funkcjonowania w bezpieczny i efektywny sposób. Koszt takiego utrzymania i pensji można również doliczyć do kosztu etanolu.