Zegar zdaje się rządzić życiem ludzi, dyktując ich codzienne rytmy. Wstają o określonej porze, jedzą w regularnych odstępach czasu i mogą mieć ustaloną porę snu każdej nocy. Nawet nasze ciała działają inaczej w różnych porach dnia, na przykład poziom niektórych hormonów wzrasta podczas snu, a ciśnienie krwi zmienia się w zależności od pory dnia. Chronoterapia działa zgodnie z zasadą, że życie przez całą dobę to nie tylko codzienne czynności, ale może również przynieść korzyści w przypadku niektórych problemów zdrowotnych, takich jak astma i rak. Niektóre leki mogą być ustawione w czasie, aby uzyskać większą skuteczność, a niektóre problemy ze zdrowiem psychicznym są również w dużym stopniu uzależnione od czasu. Na przykład niektórym osobom cierpiącym na chorobę afektywną dwubiegunową pomogła chronoterapia, która resetuje naturalny rytm ich ciała lub zegar biologiczny.
Istnieje wiele sprawdzonych zasad chronoterapii, w tym własny rytm dobowy organizmu. Temperatura człowieka zmienia się w sposób przewidywalny w ciągu dnia, a temperatura kobiety wzrasta, gdy zachodzi owulacja. Specjaliści badający wyniki sportowe zauważyli, że siła mięśni jest większa po południu niż rano. Nawet związki znajdujące się w mleku kobiecym różnią się w różnych porach dnia. Mężczyźni są pod wpływem hormonu testosteronu znajdującego się w ich ciałach na wyższym poziomie rano, a jego poziom spada później w ciągu dnia.
Chronoterapia to czynność dopasowująca naturalne rytmy organizmu do leczenia, którego potrzebuje pacjent, niezależnie od tego, czy dotyczy to schorzeń psychiatrycznych, wysokiego ciśnienia krwi, układu hormonalnego czy innych problemów medycznych. Chronoterapia może również wpływać na ilość przyjmowanych leków. Czasami wymagana jest mniejsza dawka niektórych rodzajów leków, jeśli zegar ciała jest zoptymalizowany. Niektórym lekarzom podoba się korzyść wynikająca z chronoterapii, ponieważ widzieli, jak pacjenci lepiej trzymają się swojego harmonogramu leczenia, gdy leki działają lepiej, a czasami istnieje dodatkowa korzyść w postaci mniejszej liczby nieprzyjemnych skutków ubocznych.
Rola chronoterapii jest najważniejsza w dziedzinie farmakoterapii, gdzie lekarze przepisują leki na podstawie nie tylko choroby lub stanu, ale także pory dnia. Niektóre preparaty leków zostały zmienione, aby lepiej wyczuwać czas uwalniania ich aktywnych składników i są to tak zwane chronoterapeutyki. Niektóre leki stosowane w walce z rakiem poprzez chemioterapię są bardziej skuteczne w określonych porach dnia, a ich toksyczność jest zmniejszona.