Długoterminowy plan motywacyjny obejmuje przyznawanie pracownikom premii za wybitne wyniki w pracy lub przyznawanie pracownikom premii opartych na stażu pracy. W ramach planu długoterminowego pracownik często może zacząć akumulować nagrody oparte na wynikach w perspektywie krótkoterminowej, ale nie odbiera tych zarobków do pewnego momentu w przyszłości. Większość długoterminowych planów usług zakłada, że pracownicy muszą czekać co najmniej rok przed otrzymaniem premii, a wiele planów wiąże się z koniecznością odczekania co najmniej pięciu lat przed otrzymaniem pełnej nagrody.
Stosowanie długoterminowego planu motywacyjnego zniechęca pracowników do nieetycznego działania w pogoni za krótkoterminowymi korzyściami finansowymi. Osoby, które pracują w sektorze finansowym i sprzedaży, muszą osiągać wyniki konsekwentnie przez kilka lat, a to zapobiega wypaczeniu wyników sprzedaży we wczesnych latach, ponieważ takie działania zostałyby wykryte na długo przed wypłaceniem zachęt. Niektóre firmy oferują zarówno krótkoterminowy, jak i długoterminowy plan motywacyjny, a drugi opiera się na wynikach tego pierwszego, chociaż nagrody są znacznie większe w planie długoterminowym.
Zgodnie z warunkami długoterminowego planu motywacyjnego pracownicy zazwyczaj otrzymują premie w formie gotówki, akcji firmy lub udziału w zyskach. Premie pieniężne są wypłacane wraz z regularnym wynagrodzeniem pracowników w dniu zakończenia planu. Zachęty związane z zakupem akcji obejmują albo firmę kupującą własne akcje w imieniu pracownika, albo firmę dającą pracownikowi możliwość zakupu akcji po kursie niższym niż rynkowy. Plany obejmujące opcje na akcje opierają się na założeniu, że wartość akcji firmy z czasem będzie rosła, a nie spadała. Udziały w zyskach oznaczają, że pracownik jest nagradzany stałym procentem zysków firmy w okresie obowiązywania długoterminowego planu motywacyjnego.
Pracownicy uczestniczący w długoterminowych planach motywacyjnych często płacą niższe podatki od premii wypłacanych w ramach takich programów niż premii wypłacanych w ramach planów krótkoterminowych. Dzieje się tak, ponieważ w wielu krajach stawka podatku od długoterminowych zysków kapitałowych jest niższa niż stawka podatku dochodowego, według której opodatkowane są zachęty krótkoterminowe. Plany długoterminowe są często zarezerwowane dla pracowników wysokiego szczebla i mają na celu zapewnienie, że ci kluczowi pracownicy pozostaną lojalni wobec firmy. W sytuacjach, w których wyniki firmy pogarszają się z biegiem czasu, pracownicy firmy mogą otrzymać minimalne nagrody na koniec długoterminowego planu motywacyjnego.