Jelito środkowe odnosi się do pośredniego odcinka przewodu pokarmowego, rozciągającego się od szczytu jelita cienkiego do mniej więcej połowy jelita grubego. Poprzedza je przedjelita, które obejmuje jamę ustną, przełyk, żołądek, wątrobę, trzustkę, woreczek żółciowy i najwyższą część dwunastnicy, pierwszą część jelita cienkiego. Po jelicie środkowym pojawia się jelito tylne, które składa się z odcinka okrężnicy poprzecznej, okrężnicy zstępującej i esicy oraz odbytnicy — wszystkich części jelita grubego. W jelicie środkowym znajdują się dwa ostatnie z czterech odcinków dwunastnicy. Są to jelito czcze i jelito kręte, które są również odcinkami jelita cienkiego, aw jelicie grubym kątnica, okrężnica wstępująca i górne dwie trzecie okrężnicy poprzecznej.
Uważa się, że jelito środkowe zaczyna się w drugim odcinku dwunastnicy, gdzie znajduje się przewód trzustkowy i żółciowy i gdzie zachodzi większość chemicznego rozkładu pokarmu. Usytuowane zaledwie kilka cali poniżej odźwiernika, wejścia z żołądka do jelita cienkiego, przewody te znajdują się w tak zwanej części zstępującej dwunastnicy. Dostarczają enzymy poprzez sok trzustkowy i żółć, wytwarzane w wątrobie i przechowywane w pobliskim woreczku żółciowym, które rozkładają pokarm na jego makroskładniki: węglowodany, tłuszcze i białka.
Stąd jelito środkowe wije się przez dwie dystalne lub dolne części dwunastnicy i wchodzi do jelita czczego w środku jelita cienkiego. W jelicie czczym wiele składników odżywczych uwalnianych w dwunastnicy jest wchłanianych przez komórki nabłonkowe ściany jelita, w tym cukry glukoza i fruktoza z węglowodanów, aminokwasy z białka oraz kilka witamin i minerałów. Niewchłonięte składniki odżywcze i woda przechodzą przez jelito kręte, kolejny odcinek jelita cienkiego. W tym miejscu wchłaniane są dodatkowe niestrawione składniki odżywcze, w tym witamina B12, kwasy tłuszczowe i glicerol z rozkładu tłuszczów, a także produkty uboczne trawienia, takie jak sole żółciowe.
Poniżej jelita czczego w jelicie środkowym znajduje się kątnica, która sygnalizuje początek jelita grubego, część przewodu pokarmowego odpowiedzialna za wchłanianie wody, soli i kilku pozostałych witamin oraz usuwanie toksyn z organizmu. Okrężnica wstępująca gwałtownie wygina się w górę od kątnicy, która następnie gwałtownie skręca o 90 stopni, tworząc poprzeczną okrężnicę. Okrężnica poprzeczna jest mniej więcej na poziomie górnych granic jelita środkowego. Pierwsze dwie trzecie jego długości znajduje się w jelicie środkowym, podczas gdy pozostała długość tworzy początek jelita tuż przy śledzionie.