Mikropenis to penis, który jest normalnie uformowany, ale znacznie mniejszy niż przeciętny. U niemowląt płci męskiej wskazuje na to długość poniżej 0.75 cala (1.9 centymetra) po rozciągnięciu. U dorosłych mężczyzn wymiar kwalifikacyjny wynosi 3 cale (7.62 cm) w stanie pełnej erekcji. Istnieje wiele warunków, które mogą powodować niezwykle mały penis, ale generalnie w grę wchodzi produkcja lub przyswajanie testosteronu.
Hipogonadyzm męski to szerokie pojęcie medyczne opisujące zmniejszoną produkcję testosteronu. Istnieje wiele diagnoz z hipogonadyzmem jako objawem, a większość tych stanów, które zaczynają się w okresie niemowlęcym lub dojrzewaniu, może prowadzić do mikropenisa. Hipogonadyzm dzieli się dalej na klasy podstawowe i średnie.
W pierwotnym hipogonadyzmie obniżony poziom testosteronu wynika z nieprawidłowego funkcjonowania jąder męskich. Kiedy mikropenis pojawia się u niemowląt płci męskiej, czasami jest to wynikiem hipogonadyzmu spowodowanego zespołem Klinefeltera. Osoby z zespołem Klinefeltera mają dodatkowy chromosom X, co często powoduje wady rozwojowe jąder i zmniejszoną produkcję testosteronu.
Każde uszkodzenie jąder przed lub we wczesnym okresie dojrzewania może spowodować pierwotny hipogonadyzm i ostatecznie doprowadzić do mikropenisa. Urazy spowodowane urazem fizycznym są oczywiście niebezpieczne, ale możliwe jest również uszkodzenie jąder w wyniku infekcji świnki. Nadmiar żelaza we krwi może również, w rzadkich przypadkach, prowadzić do niedorozwoju.
W hipogonadyzmie wtórnym jądra nie otrzymują sygnału do produkcji testosteronu. W takich przypadkach zwykle dochodzi do nieprawidłowego działania przysadki lub podwzgórza. Może to być spowodowane zaburzeniem genetycznym, takim jak zespół Kallmanna, lub wynikiem wielu zaburzeń przysadki. Otyłość została również powiązana z hipogonadyzmem wtórnym.
W okresie niemowlęcym mikropenis jest często leczony krótkotrwałymi zastrzykami testosteronu. Jeśli penis wykazuje lepszy wzrost po trzech miesiącach, zakłada się, że wzrost poziomu hormonów w okresie dojrzewania spowoduje również zwiększenie długości. W przypadku dorosłych mężczyzn wykazano pewien potencjał zwiększenia rozmiaru przy użyciu implantów chirurgicznych. Niektóre preparaty ziołowe zostały wprowadzone na rynek z gwarancją przedłużenia długości penisa. Nie ma niezależnych badań naukowych, które odpowiednio udowodniłyby te twierdzenia.
W przeszłości rodzicom chłopca urodzonego z mikropenisem czasami zalecano poddanie ich dziecka operacji korekty płci. W rzadkich przypadkach, gdy dziecko miało zarówno penisa, jak i pochwę, ta rada była niemal uniwersalna. Gdy w okresie dojrzewania zaczęły pojawiać się u tych dzieci poważne skutki emocjonalne, praktyka została ponownie przeanalizowana. Od tego czasu został w dużej mierze opuszczony.