Choroby związane z pierwotnym niedoborem odporności to takie, w których część układu odpornościowego jest dysfunkcyjna lub całkowicie nieobecna. Aby zaburzenie immunologiczne można było uznać za pierwotne, sama dysfunkcja immunologiczna musi być podstawową przyczyną choroby. Oznacza to na przykład, że dysfunkcja układu odpornościowego nie może być spowodowana lekami lub innymi zaburzeniami. W konsekwencji większość pierwotnych zaburzeń immunologicznych to zaburzenia genetyczne, które diagnozuje się u bardzo małych dzieci.
W większości rodzajów pierwotnego niedoboru odporności główne objawy są wynikiem samej dysfunkcji układu odpornościowego. Istnieje jednak kilka rodzajów pierwotnych zaburzeń immunologicznych, a objawy mogą się nieco różnić. Pierwotne zaburzenia odporności różnią się pod względem dysfunkcyjnej części układu odpornościowego, a to wpływa na to, jakie objawy się pojawiają.
Około połowa pierwotnych niedoborów odporności jest spowodowana brakiem funkcjonalnych przeciwciał. Jednym z przykładów jest agammaglobulinemia sprzężona z chromosomem X, znana również jako XLA. To zaburzenie recesywne sprzężone z chromosomem X dotyka dzieci płci męskiej, podczas gdy kobiety z wadliwym genem są nosicielkami. Dzieci urodzone z XLA są chronione przez pierwsze miesiące życia przez przeciwciała dostarczane przez matkę w macicy i mleku matki. Gdy ta ochrona zanika, zaczynają cierpieć na nawracające infekcje bakteryjne, a także są narażeni na wtórne powikłania, takie jak zapalenie opon mózgowych.
W przeciwieństwie do tego, przewlekła choroba ziarniniakowa jest rodzajem pierwotnego niedoboru odporności spowodowanego niezdolnością fagocytów do zabijania organizmów po ich spożyciu. Dzieci z tym zaburzeniem cierpią na nawracające infekcje bardzo specyficznych typów. W szczególności są podatne na zapalenie płuc, ropnie skóry i infekcje skóry oraz infekcje szpiku kostnego i krwi.
Inny rodzaj pierwotnego niedoboru odporności wpływa na kaskadę dopełniacza, molekularną reakcję łańcuchową, która jest wyzwalana przez infekcję bakteryjną i powoduje tworzenie się białek dopełniacza. Te cząsteczki, w połączeniu z przeciwciałami, pomagają zabijać atakujące bakterie. Sama kaskada dopełniacza jest stosunkowo niewielką częścią układu odpornościowego iw konsekwencji u wielu osób niedobory dopełniacza są diagnozowane dopiero po osiągnięciu dorosłości. Osoby z tego typu niedoborem odporności zachowują w pełni funkcjonalne limfocyty T i B oraz są chronione przed większością infekcji. W niektórych przypadkach mogą być podatni na niektóre rodzaje chorób, w tym infekcje krwiopochodne.
Istnieje osiem różnych klas pierwotnych zaburzeń immunologicznych i ponad 120 różnych schorzeń, które należą do jednej z tych kategorii. Każda klasa zaburzeń zwykle wymaga innego leczenia ze względu na zaangażowanie różnych części układu odpornościowego. Na przykład XLA jest skutecznie leczony regularnymi dawkami ochronnych przeciwciał, aby zwiększyć bierną odporność na infekcje. Przewlekła choroba ziarniniakowa jest często leczona profilaktycznie antybiotykami, podczas gdy niektóre rodzaje niedoboru dopełniacza nie wymagają żadnego leczenia.
Bardzo ciężkie zaburzenia immunologiczne można leczyć przeszczepami komórek macierzystych. To leczenie jest zwykle zarezerwowane dla chorób takich jak ciężki złożony niedobór odporności. Osoby z tym zaburzeniem nie mają funkcjonalnych limfocytów T ani limfocytów B i są podatne na praktycznie wszystkie rodzaje infekcji. Inne rodzaje pierwotnego niedoboru odporności można leczyć w ten sposób, w tym XLA, ale leczenie komórkami macierzystymi nie jest często przeprowadzane u osób z XLA, chyba że inne opcje leczenia zawiodą.