Ścieżka duchowa Siddha Yoga zasadniczo opiera się na filozofii, która skupia się na wewnętrznej jaźni, może zbliżyć do Boga. W dużym stopniu czerpie z tradycji duchowych Kaszmiru śiwaizmu i hinduskiej wedanty. Siddha Yoga jest przedstawiana przez praktykujących jako indywidualna duchowość, często rozwijana w społeczności współwyznawców. W zależności od indywidualnego postrzegania organizacji, jest to zwykle określane jako nowy ruch religijny lub kult.
Siddha Yoga to połączenie codziennej praktyki i nauk przekazywanych przez guru. Nauki zawierają instrukcje dotyczące podstawowych filozofii samopoznania, służby innym i przestrzegania biblijnych tradycji religii hinduskiej. Praktyka obejmuje medytację, śpiewanie i słuchanie muzyki sakralnej. Te czynności są zazwyczaj podejmowane w ośrodkach medytacyjnych i na odosobnieniach, chociaż niektóre codzienne czynności można praktykować również w domu.
Uczeń nowy w Siddha Yodze zazwyczaj jest inicjowany duchowo praktyką znaną jako shaktipat diksha. Jest to proces, w którym guru wita chętnego ucznia symbolicznym gestem, takim jak dotyk, mantra lub święte słowo. Uważa się, że w ten sposób guru przeniknął i wszedł w ducha ucznia. Niektórzy zwolennicy tej metody opisali ten proces jako aurę guru otaczającą ucznia.
Swami Muktananda Paramahamsa założył Siddha Yogę w Indiach pod przewodnictwem swojego duchowego nauczyciela Bhagawana Nityanandy. W końcu otworzył kilka ośrodków medytacyjnych na całym świecie. W wielu innych krajach istnieją ośrodki w Japonii, Stanach Zjednoczonych, Wielkiej Brytanii, Australii i Francji. Ruch ma tendencję do skupiania się na największych aśramach w Nowym Jorku i Ganeshpuri w Indiach. Po śmierci Swami Muktanandy w 1982 r. jego uczeń Gurumavi Chidvilasanada, który pierwotnie był znany jako Malti Shetty, przejął duchowe przywództwo w ruchu Siddha Yoga.
Pojawiły się kontrowersje dotyczące działań niektórych guru Siddha Jogi i całego ruchu. William Rodarmor w 1983 r. i Lis Harris w 1994 r. podali w kilku opublikowanych artykułach wątpliwości dotyczące tej praktyki. Od 1996 roku strona internetowa Leaving Siddha Yoga również utrzymuje bardzo krytyczny głos w stosunku do ruchu i jego przywódców. Zarzuty przeciwko ruchowi obejmowały wykorzystywanie seksualne, kontrolę umysłu oraz destrukcyjne i niewłaściwe walki wewnętrzne między guru i ich współpracownikami. W kilku popularnych czasopismach pojawiły się również przede wszystkim pozytywne profile ruchu.