Skrzela jest ważnym organem używanym przez ryby i inne zwierzęta wodne do oddychania poprzez pozyskiwanie tlenu z otaczającej wody. U większości zwierząt wodnych, które wykorzystują skrzela do oddychania, znajdują się one na głowie lub w jej pobliżu i są chronione przez strukturę zwaną klapą skrzelową. Te wyspecjalizowane narządy oddechowe działają poprzez filtrowanie tlenu z wody przechodzącej przez liczne włókna. Podobnie jak płuca, tlen jest wchłaniany do krwi przez cienkie ścianki maleńkich naczyń krwionośnych. Aby uzyskać wystarczającą ilość tlenu do życia, duża ilość wody musi przejść przez skrzela, a naukowcy uważają, że jest ona wykorzystywana przez różne stworzenia od milionów lat.
Większość zwierząt wodnych, które pozostają zanurzone pod wodą, używa skrzeli do oddychania. Przykładami są ryby, węgorze i kraby, a skrzela wykonuje pracę, którą płuco wykonuje u zwierząt oddychających powietrzem. Podstawową funkcją skrzeli jest wydobywanie tlenu z wody i uwalnianie dwutlenku węgla. Zwykle skrzela znajdują się na lub w pobliżu głowy zwierzęcia parami, po jednym z każdej strony, a liczba zestawów różni się w zależności od gatunku zwierzęcia wodnego. Każda z nich jest chroniona strukturą zwaną klapą skrzelową, która wygląda jak długa, głęboka, lekko zakrzywiona szczelina w skórze. Klapka osłania i chroni strukturę skrzeli, a także pomaga kierować wodę po jej powierzchni.
Skrzela działa poprzez filtrowanie ogromnych ilości wody, która przepływa przez strukturę. Gdy woda przedostanie się przez klapkę, duże cząsteczki są usuwane przez struktury zwane łuskami skrzelowymi, które przypominają ekran wykonany z miękkiej tkanki. Następnie woda dociera do włókien, które składają się z czerwonawej tkanki miękkiej i wyglądają podobnie do grzebienia o drobnych zębach. Włókna mają dużą powierzchnię wystawioną na działanie wody z mnóstwem maleńkich cienkościennych naczyń krwionośnych bardzo blisko zewnętrznej błony.
Gdy woda przepływa przez włókna, tlen jest w stanie przejść przez ściany maleńkich naczyń krwionośnych i przedostać się do krwiobiegu. Dwutlenek węgla jest również w stanie wydostać się z krwi przez ściany naczynia, dzięki czemu może zostać uwolniony z powrotem do wody przez skrzela. Ponieważ stężenie tlenu w wodzie jest znacznie niższe niż w powietrzu, ogromne ilości muszą przejść przez skrzela, aby dostarczyć wystarczającą ilość gazu do podtrzymania życia. Oprócz wody, która jest naturalnie wciągana, gdy organizm wodny pływa, wiele zwierząt jest w stanie ssać więcej poprzez „pompowanie” skrzeli, gdy potrzebne są dodatkowe ilości. Skrzela są niezwykle wydajnymi narządami oddechowymi, które według wielu naukowców są wykorzystywane od milionów lat, odkąd pierwsze stworzenia zaczęły żyć w morzu.