Zwapnienie dystroficzne jest odpowiedzią komórkową na poważnie uszkodzoną lub martwą tkankę. Duże komórki zwane makrofagami zaczynają trawić martwiczą tkankę. Podczas tego procesu trawiennego w okolicy gromadzą się sole wapnia, powodując martwicze zwapnienie tkanek. Zwyrodniałe zwapnienie tkanek może wystąpić w dowolnym miejscu ciała, wywołane przez chorobę autoimmunologiczną, infekcję i niektóre nowotwory. Uszkodzona tkanka może również rozwijać zwapnienia.
Osoby, u których zdiagnozowano pewne zaburzenia autoimmunologiczne, w tym zapalenie skórno-mięśniowe i twardzinę skóry, mogą doświadczyć zwapnienia dystroficznego. Zapalenie tkanek występuje, gdy układ odpornościowy zaczyna atakować organizm, a po zaatakowaniu i uszkodzeniu w tych obszarach często rozwija się chrzęstna lub zeszklona tkanka bliznowata. Złogi wapnia mogą się rozwijać, gdy makrofagi początkowo atakują tkanki lub gdy białe krwinki próbują strawić tkankę bliznowatą. Pracownicy służby zdrowia hamują proces zwapnienia w tych zaburzeniach poprzez ingerencję w odpowiedź immunologiczną. Leczenie tych zaburzeń często obejmuje leki przeciwzapalne lub immunosupresyjne na receptę.
Kiedy układ odpornościowy postrzega nieprawidłowy wzrost komórek lub atakujące organizmy jako zagrożenie, zwykle występuje zwapnienie dystroficzne, ponieważ układ odpornościowy odpowiada odgradzaniem dotkniętego obszaru. Osoby zarażone pasożytami lub gruźlicą regularnie rozwijają zwapniałe obszary wokół zainfekowanej tkanki, ponieważ układ odpornościowy próbuje zniszczyć obce organizmy. Leczenie odpowiednimi lekami na ogół eliminuje infekcję i zapobiega dalszemu zwapnieniu. Gdy guzy mięsaka zaczynają się formować, komórki złośliwe często wytwarzają dystroficzne formacje zwapnień. Te zwapnione regiony są często widoczne, gdy mięsaki kości dają przerzuty do pobliskiej miękkiej lub odległej tkanki piersi.
Po uszkodzeniu lub urazie tkanki krew może gromadzić się, powodując siniak lub krwiak. Otwarte rany zwykle tworzą blizny. Każdy z tych scenariuszy może skutkować zwapnieniem dystroficznym wynikającym ze stanu zwanego traumatycznym zapaleniem kostniejącym mięśni. Ziarniniaki po wstrzyknięciu mogą wystąpić, gdy lek zostanie nieumyślnie wstrzyknięty do tkanki tłuszczowej, powodując martwicę i tworzenie blizn. Nacieki komórkowe mogą powodować złogi wapnia, a leczenie ziarniniaka lub zapalenia mięśni może wymagać chirurgicznego usunięcia.
Niewydolność żylna, długotrwały bezruch i inne stany mogą powodować powstawanie zakrzepów krwi, które mogą zwapnieć, powodując flebolit. Występujące głównie w narządach zlokalizowanych w okolicy miednicy, flebolity mogą tworzyć się w dowolnym miejscu struktur żylnych. Stwardnienie tętnic zaczyna się od złogów lipoprotein lub tłuszczu między najbardziej wewnętrzną i przyśrodkową ścianą tętnicy. Komórki fagocytarne zwykle trawią te złogi, ale kiedy te komórki umierają, uwalniają substancje chemiczne przyciągające więcej fagocytów, powodując stan zapalny, złogi wapnia i tworzenie się płytek.