W mózgu układ limbiczny składa się z kilku struktur, które pomagają regulować pamięć i emocje. Jeden ze składników tego systemu, znany jako jądra przegrody lub obszar przegrody, jest zaangażowany w hamowanie strachu i wyrażanie przyjemnych reakcji. Ta struktura odbiera dane wejściowe, a także wysyła dane wyjściowe do wielu części mózgu, w tym innych struktur układu limbicznego i wzgórza, które kieruje bodźce przychodzące z większości systemów sensorycznych.
W pobliżu środka mózgu, tuż pod ciałem modzelowatym, znajdują się jądra przegrody, zlokalizowane w pobliżu wielu struktur, z którymi oddziałuje. Jest to wiązka nerwów łączących półkule mózgu. Z ewolucyjnego punktu widzenia obszar ten wydaje się być odgałęzieniem hipokampu, struktury układu limbicznego zaangażowanej w pamięć. W konsekwencji istnieją silne powiązania między tymi dwoma regionami.
Projekcje nerwowe pośredniczą w połączeniach hipokampa z pniem mózgu i podwzgórzem, które uczestniczą w procesach automatycznych. Wydaje się, że środkowa i boczna część obszaru przegrody reguluje interakcję tych trzech obszarów. Funkcjonalnie pozwala to tym jąderkom regulować tworzenie i odzyskiwanie pamięci hipokampa w odpowiedzi na pobudzenie, w którym pośredniczą podwzgórze i pień mózgu.
Obszar mózgu zaangażowany w wyrażanie strachu i innych emocji, zwany ciałem migdałowatym, jest również regulowany przez jądra przegrody. Podobnie jak jego połączenia z hipokampem, jądra te regulują interakcję z podwzgórzem. Pobudzenie i aktywacja ciała migdałowatego może skutkować zachowaniami seksualnymi i kontaktem fizycznym. Sygnały hamujące wysyłane przez obszar przegrody modulują tę odpowiedź i promują bardziej dyskryminujący kontakt. Niektórzy badacze uważają, że to hamowanie przyczynia się do tworzenia bliższych, trwalszych więzi emocjonalnych.
Części jąder przegrodowych służą jako centrum nagrody, co oznacza, że generuje przyjemne reakcje na określone bodźce. Te odpowiedzi pomagają stworzyć poczucie nagrody za określone zachowania. Badania na zwierzętach wykazały, że po wszczepieniu urządzeń, które pozwalają szczurom bezpośrednio stymulować ten obszar, będą to robić wielokrotnie, aby doświadczyć przyjemnego odczucia.
Niektóre zaburzenia psychiczne mogą obejmować zmiany w jądrach przegrody. Stwierdzono, że osoby z chorobą afektywną dwubiegunową i schizofrenią mają niższą gęstość komórek w tym obszarze w porównaniu do osób zdrowych. Odkryto również korelację u osób z ciężkim zaburzeniem depresyjnym, gdzie czas trwania choroby był powiązany z niższym zagęszczeniem komórek. Ta interakcja jest prawdopodobnie spowodowana znaczeniem obszaru przegrody w regulacji emocjonalnej.