W komórkach jądro jest tradycyjnie uważane za centrum komórki: centrum spotkań, w którym informacje są przechowywane, przetwarzane i dystrybuowane. Jądra pnia mózgu służą podobnemu celowi, ponieważ są centralnymi sieciami, przez które powstają i pełnią swoje funkcje komórki nerwowe i nerwy. Jądra pnia mózgu są zatem odpowiedzialne za wiele uczuć i funkcji, których ludzie doświadczają na co dzień, ale niekoniecznie muszą świadomie myśleć. Każde jądro można sklasyfikować jako czuciowe lub motoryczne.
Pień mózgu jest najbardziej prymitywną częścią mózgu. Znajduje się między głównym mózgiem a rdzeniem kręgowym i składa się z śródmózgowia, mostu i rdzenia. Wewnątrz tych struktur znajduje się szeroka sieć nerwów, a każdy z tych nerwów zaczyna się w jednym lub kilku jądrach pnia mózgu.
Ogólnie nerwy mogą pełnić funkcję czuciową lub ruchową. Jako takie, albo wpływają na pięć zmysłów człowieka, albo wspomagają ruchy. Dlatego jądra pnia mózgu są określane jako jądra czuciowe lub ruchowe, w zależności od natury nerwów, które z nich wywodzą się. Jeśli nerw ma zdolności czuciowe i motoryczne, będzie przyczepiony zarówno do jąder czuciowych, jak i ruchowych.
Podczas gdy jądra czuciowe znajdują się zwykle po bokach pnia mózgu, jądra motoryczne są umieszczone w środkowej lub środkowej części pnia mózgu. Większość z tych jąder jest połączona tylko z jednym nerwem, ale czasami z pojedynczego jądra może powstać wiele nerwów.
Istnieje 12 nerwów czaszkowych wywodzących się z jąder pnia mózgu. Nerwy te pełnią różne indywidualne funkcje, w tym poruszanie okiem, poruszanie twarzą oraz pomoc w wąchaniu lub degustacji. Nerw okoruchowy jest na przykład nerwem ruchowym odpowiedzialnym za utrzymanie ruchu niektórych mięśni oka. Jądro tego nerwu jest znane jako jądro okoruchowe. Inne jądra zawierające odpowiadające nerwy obejmują: jądra odwodzące, jądra bloczkowe, jądra przedsionkowe i jądra podjęzykowe.
Chociaż nazwy większości jąder pnia mózgu pochodzą od nerwów, które tworzą, istnieje kilka wyjątków. Na przykład jądro Edingera Westphala znajduje się wokół jąder okoruchowych i posiada nerwy odpowiedzialne za zwężenie źrenic. Co więcej, nerw, który przenosi zarówno zdolności czuciowe, jak i ruchowe związane z twarzą i ustami – nerw trójdzielny – ma dwa źródła jądra: jądro śródmózgowia i jądro ruchowe. Co więcej, wszechstronny nerw błędny ma trzy jądra pnia mózgu: jądro niejednoznaczne, jądro wydzielniczo-ruchowe przywspółczulne i jądro pojedyncze. Ponadto niektóre nerwy, takie jak pojedyncze jądro, mają połączenia z więcej niż jednym nerwem czaszkowym i dlatego nie mają wspólnej nazwy z żadnym konkretnym nerwem.