Kwestia, czy istnieją różne przyczyny jąkania, była szeroko dyskutowana w kręgach naukowych. Ogólnie rzecz biorąc, panuje ogólna zgoda, że może istnieć więcej niż jedna przyczyna, ale uważa się, że wszystkie z nich są głównie fizyczne. Chociaż emocje i czynniki środowiskowe w dzieciństwie mogą pogorszyć lub polepszyć problem, główne przyczyny jąkania wydają się być związane ze sposobem, w jaki mózg działa podczas mówienia.
Niektóre badania sugerują, że osoby jąkające się cierpią na wiele różnych problemów emocjonalnych. Przez lata było wielu naukowców, którzy bezpośrednio powiązali te emocjonalne trudności z problemami jąkania. Wśród wielu ekspertów generalnie uznano, że te zaburzenia emocjonalne są wynikiem problemów społecznych związanych z dorastaniem z problemem jąkania, a nie faktycznymi przyczynami jąkania.
Istnieją dowody sugerujące, że trudności emocjonalne mogą również działać na rzecz nasilenia problemu jąkania, który już jest obecny. Nawet ludzie, którzy przeszli terapię kontrolującą jąkanie, mogą mieć pewne problemy, które mogą się ponownie rozwinąć, gdy staną się nerwowi, przestraszeni lub rozgniewani. Dla niektórych osób jednym z podstawowych aspektów terapii jąkania jest nauczenie się kontrolowania emocji, aby mogli utrzymać dobre wzorce płynnej mowy.
Pojawiły się również pytania, czy jedną z przyczyn jąkania może być zaniedbanie lub maltretowanie dzieci. W szerokim sensie dowody na ogół nie sugerują, że tak jest, ale eksperci zidentyfikowali możliwy związek. Wiele dzieci ma w swoim życiu problem z jąkaniem, ale większość z nich w końcu uczy się mówić bez trudności. Możliwe, że dzieci wychowywane w trudnych środowiskach mogą nie otrzymać opieki, której potrzebują, aby przezwyciężyć problemy z jąkaniem. Tak więc, w gruncie rzeczy, nawet jeśli źródło problemów z jąkaniem może nie być związane z ich wychowaniem, powaga problemów może być.
Bez względu na przyczyny jąkania, terapie będą generalnie działać lepiej, gdy zostaną zastosowane u młodszych dzieci. Ludzie, którzy są starsi, często mają znacznie trudniejszy czas przezwyciężenia problemów z jąkaniem, chociaż zdarzają się historie sukcesu i zazwyczaj ludzie są w stanie osiągnąć pewien poziom poprawy. Czasami podczas leczenia młodszych dzieci główna terapia polega na całkowitej zmianie przez rodziców ich codziennych wzorców mowy, aby dziecko mogło lepiej nauczyć się płynnie mówić, słuchając ich. U dorosłych terapia jąkania często wiąże się z uczeniem się przez osobę zupełnie innego podejścia do mówienia.