Efektem założycielskim jest dramatyczny spadek różnorodności genetycznej spowodowany tworzeniem małej kolonii osobników, która pozostaje izolowana. Przyczynia się to do dryfu genetycznego, który powoduje, że niektóre cechy genetyczne zanikają lub stają się bardziej obfite. Kilka populacji ludzkich dostarcza interesujących źródeł badań dla genetyków zainteresowanych efektem założyciela, podobnie jak liczne populacje zwierząt.
Koncepcja ta została po raz pierwszy szeroko omówiona w 1952 roku, kiedy Ernst Mayr na podstawie wcześniejszych prac teoretycznych innych autorów przedstawił ideę efektu założycielskiego. Mayr pokazał, jak małe izolowane populacje mogą zacząć odbiegać od swoich większych populacji macierzystych, czasem ostatecznie dając unikalny gatunek. Od tego czasu inni dramatycznie opierali się na jego pracy, przeprowadzając długoterminowe badania izolowanych społeczności i używając zaawansowanych narzędzi do analizy genomów organizmów w tych populacjach.
W klasycznym przykładzie efektu założyciela mała grupa oddziela się od większej populacji, podobnie jak Amisze podczas reformacji. Kiedy mała grupa pozostaje endogamiczna, co oznacza, że ludzie zawierają związki małżeńskie w ramach społeczności, może to stworzyć sytuację, w której różnorodność genetyczna jest bardzo ograniczona, ponieważ do społeczności nie są mile widziani nowi członkowie. Efekt ten jest powszechny wśród odizolowanych społeczności religijnych i populacji wyspiarskich, które są odcięte od większej populacji.
Jednym z efektów tego zjawiska jest tendencja do koncentracji pewnych cech genetycznych. Ponieważ społeczność założycielska jest tak mała, jeśli jedna osoba jest nosicielem mutacji genetycznej, ta mutacja może zostać wzmocniona w społeczności. Na przykład amisze mają znacznie większą częstość występowania heksadaktylii niż w populacji ogólnej. Przykładem efektu założycielskiego są problemy przypisywane chowu wsobnemu.
Jeśli populacja założycielska jest pozostawiona w spokoju wystarczająco długo, może tak radykalnie odbiegać od populacji macierzystej, że staje się zupełnie nowym gatunkiem. Zauważył to Karol Darwin, badając zwierzęta z Wysp Galapagos, chociaż nie rozumiał przyczyny. Wiele osób zgadza się, że efekt założycielski może być niezwykle problematyczny, ponieważ zmniejszona różnorodność genetyczna może prowadzić do nasilenia manifestacji mutacji genetycznych. Jest to szczególnie ważne dla biologów, którzy próbują ratować zagrożone gatunki, ponieważ muszą hodować małe populacje starterowe w odpowiedzialny sposób, aby zminimalizować ten efekt. To jeden z powodów, dla których parki przyrody nieustannie handlują zwierzętami.