Przewód pokarmowy człowieka zaczyna się w jamie ustnej i rozciąga się do odbytu. Flora jelitowa odnosi się do mikroorganizmów bytujących w przewodzie pokarmowym. Te mikroorganizmy są na ogół nieszkodliwe. Ich dystrybucja różni się w zależności od lokalizacji jelita i wśród osobników. Odgrywają ważną rolę w ochronnym, strukturalnym i metabolicznym funkcjonowaniu jelit.
Bakterie to dominujące mikroorganizmy w jelitach. Dominują zarówno w jelicie czczym, jak i krętym dystalnego odcinka jelita cienkiego oraz w jelicie grubym. Kwaśne, trzustkowe i żółciowe wydzieliny zapobiegają ich kolonizacji w żołądku i dwunastnicy proksymalnej części jelita cienkiego. Bakterie tlenowe, takie jak tlenowe pałeczki kwasu mlekowego i enterokoki, są dominującą florą jelitową w jelicie czczym, a jelito kręte i jelito grube są zdominowane przez bakterie beztlenowe, takie jak bifidobakterie, Escherichia coli i beztlenowe pałeczki kwasu mlekowego. W dorosłym jelicie mogą wystąpić pewne zmiany w populacji bakterii, gdy zachodzą zmiany wieku, diety, stylu życia i środowiska.
W normalnych warunkach ludzki gospodarz i jego flora jelitowa pozostają w symbiozie, w której obydwa są dla siebie korzystne. Żywiciel ludzki zapewnia pożywienie i stabilne środowisko dla flory jelitowej. Tymczasem flora jelitowa zapewnia korzyści swojemu ludzkiemu gospodarzowi, zapobiegając kolonizacji szkodliwych bakterii w jelitach, zapobiegając zapaleniu jelit, przyczyniając się do rozwoju układu odpornościowego, zwiększając wchłanianie pokarmu i wody oraz syntetyzując witaminy K i B12.
Wzrostowi szkodliwych bakterii zapobiega efekt bariery, co oznacza, że przyleganie flory jelitowej do wyściółki jelitowej konkuruje i hamuje inwazję szkodliwych bakterii. Jego rola w zapobieganiu zapaleniu jelit i przyczynianiu się do rozwoju układu odpornościowego przypisywana jest zdolności flory jelitowej do stymulowania tkanek limfoidalnych w jelitach do wytwarzania przeciwciał przeciwko szkodliwym bakteriom. Wzrost tkanek limfoidalnych może być również spowodowany działaniem krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych, które są produktami fermentacji węglowodanów przez bakterie. Ponadto krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe kontrolują proliferację i różnicowanie komórek wyściełających jelito, co pomaga zapobiegać uszkodzeniom wyściółki jelita.
Oprócz fermentacji węglowodanów enzymy wytwarzane przez florę jelitową zwiększają również wchłanianie węglowodanów. Enzymy te trawią węglowodany w formę użytecznej energii i składników odżywczych dla ludzi. Ponadto zwiększa się również wchłanianie wody i minerałów pokarmowych, takich jak żelazo, wapń i magnez, które są również niezbędne w metabolicznych funkcjach organizmu.