Patogen to każdy organizm — taki jak wirus, grzyb lub bakteria — który powoduje chorobę w innym organizmie. Choroby wywołane przez organizmy mogą obejmować przeziębienie, zatrucie pokarmowe, zapalenie opon mózgowych. Mogą się rozprzestrzeniać na wiele sposobów, na przykład poprzez kontakt z płynami ustrojowymi, spożywanie niedogotowanej żywności lub pływanie w zanieczyszczonej wodzie. W niektórych krajach podjęto środki w celu zmniejszenia liczby chorób wywoływanych przez patogeny przenoszone przez wodę. Istnieją również inne kroki, które ludzie mogą podjąć, aby chronić się przed tymi czynnikami chorobotwórczymi.
Jednym z najczęstszych sposobów rozprzestrzeniania się patogenu jest kontakt osobisty. Niektóre, takie jak wirus wywołujący przeziębienie, rozprzestrzeniają się przez ślinę. Inne, takie jak ludzki wirus niedoboru odporności (HIV), mogą być przenoszone przez stosunek płciowy lub przez wspólne igły. Organizmy chorobotwórcze mogą również rozprzestrzeniać się poprzez kontakt z kałem lub przez niehigieniczne praktyki. Utrzymywanie praktyk sanitarnych może być bardzo pomocne, aby nie zachorować i nie rozprzestrzeniać chorób.
Woda może być również gospodarzem. Różne rodzaje organizmów chorobotwórczych mogą osiedlać się w słodkiej wodzie i powodować problemy u osób, które ją piją. W niektórych krajach woda jest uzdatniana w celu skutecznego wyeliminowania wielu różnych organizmów, które mogą być obecne. Nawet w tych krajach, gdyby burza lub inna katastrofa przerwała proces uzdatniania wody, zanieczyszczona woda może stanowić problem. Gotowanie wody często zabija większość patogenów, dlatego jest to często zalecane w przypadku przerwy w procesach uzdatniania wody.
Wirusy i bakterie mogą powodować wiele chorób. Na przykład ospa wietrzna jest wywoływana przez wirus, a niektóre rodzaje bakterii E. coli powodują zatrucie pokarmowe. Wiele razy grzyby wywołujące choroby atakują rośliny, ale są też takie, które mogą mieć wpływ na ludzi, takie jak grzybica, stopa atlety i pleśniawki jamy ustnej.
Innym interesującym organizmem, który działa jako patogen, jest ameba o nazwie Naegleria fowleri, którą można znaleźć na wielu obszarach, w tym w źródłach świeżej wody. Może podróżować w górę nosa osoby pływającej w zanieczyszczonej wodzie i ostatecznie przedostać się do mózgu. Tam zaczyna niszczyć komórki mózgowe i powoduje pierwotne pełzakowe zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych (PAM). Dla większości ofiar jest śmiertelna, ale infekcje są bardzo rzadkie.