Aby przetwarzanie czeków działało, zazwyczaj odbywa się kilka oddzielnych transakcji. Pierwszym krokiem w procesie jest autoryzowanie czeku przez osobę lub podmiot wymieniony na rachunku czekowym. Bank, który obsługuje konto czekowe, zazwyczaj potwierdza numer banku czeku, numer konta czeku oraz kwotę czeku dostarczoną przez osobę lub podmiot. Po weryfikacji czeku firma obsługująca płatności przekazuje środki na konto firmowe sprzedawcy. Podczas gdy niektórzy sprzedawcy mają własne systemy przetwarzania czeków, niektórzy decydują się na korzystanie z systemu innej firmy, aby ułatwić transakcję od początku do końca.
Zazwyczaj osoba lub podmiot dokonuje płatności czekiem na jeden z trzech sposobów. W przypadku osobistej transakcji klient korzysta z papierowego czeku, który sprzedawca realizuje na miejscu. W niektórych sytuacjach klienci decydują się na wysłanie płatności czekiem pocztą, przy czym proces transakcji przebiega tak samo, jak w przypadku otrzymania płatności osobiście. Innym sposobem zapłaty za transakcję czekiem jest transakcja online, w której kwota zakupu jest pobierana z konta na podstawie numerów rachunków rozliczeniowych i czekowych.
Proces jest praktycznie taki sam, niezależnie od tego, czy płatność czekiem odbywa się osobiście, pocztą czy online. Numer rozliczeniowy banku, numer rachunku rozliczeniowego oraz kwota zakupu przechodzi przez system elektroniczny. Transakcja płatnicza jest zwykle księgowana na wyciągu bankowym klienta z numerem czeku lub kodem identyfikacyjnym oznaczającym przetworzenie płatności czekiem elektronicznym.
Czas potrzebny na przetwarzanie czeków może się różnić w zależności od zmiennych, takich jak sprzedawca, instytucja bankowa i zaawansowanie transakcji przetwarzania. Transakcja przetwarzania czeków zazwyczaj kończy się na koncie klienta w ciągu jednego do trzech dni. Ten proces może jednak potrwać dłużej między sprzedawcą a systemem strony trzeciej.
Procedura przetwarzania czeków zwykle zależy od zaawansowania systemu przetwarzania czeków. Czasami kwota płatności jest przetwarzana natychmiast. W innych przypadkach firma przetwarzająca może wstrzymać środki do czasu zakończenia transakcji płatniczej. W przypadku innych systemów, które nie przetwarzają transakcji natychmiast ani nie blokują środków, proces ten może potrwać do trzech dni.
Bank może autoryzować lub odmówić płatności. Może to zależeć od umów finansowych między bankiem a klientem. W przypadku, gdy klient i bank nie mają wcześniejszej umowy na pokrycie płatności, niewystarczające środki mogą skutkować obciążeniem akceptanta. Zazwyczaj firma obsługująca płatności pobiera od handlowca opłatę za zwrócony przedmiot.
Niektórzy klienci mogą mieć ochronę przed debetem, która upoważnia bank do zatwierdzenia płatności, mimo że na koncie nie ma wystarczających środków. Zasadniczo przelew środków z oddzielnego konta na pokrycie kwoty wraz z dodatkowymi opłatami manipulacyjnymi. Metoda przetwarzania czeków zazwyczaj nie zmieni się z perspektywy systemu strony trzeciej.