Metodologia badania to szereg zadań lub czynności, przez które firma księgowa przechodzi podczas przeglądu informacji finansowych klienta. Każda metodologia jest zazwyczaj inna ze względu na różnice w działaniach klientów. Opracowanie metodologii audytu składa się z czterech etapów: planowania, pracy w terenie, raportowania i działań następczych. Każdy krok ma kilka różnych zadań, które audytorzy muszą wykonać, aby w pełni opracować wykonalną metodologię. Znaczna część pracy następuje po tym, jak firma podpisze z klientem list zaręczynowy.
Planowanie następuje po pierwszym podpisaniu przez klienta umowy z biurem rachunkowym. Audytorzy przeprowadzają wywiady z kierownictwem firmy i opracowują plan audytu oraz harmonogram. Metodologia audytu obejmuje również wstępny zakres. Audytorzy dokonują przeglądu poprzednich raportów z audytów, aktualnych informacji i innych informacji, aby określić, jak wykonać pracę w terenie. Firmy z historycznymi problemami finansowymi mogą sprawić, że firma księgowa odrzuci klienta z powodu zwiększonego ryzyka badania.
Praca w terenie to miejsce, w którym audytorzy wykonują większość prac kontrolnych. Metodologia audytu opisuje wielkość próby, metody testowania i audytorzy kontroli wewnętrznej, które muszą testować audytorzy. Częścią tego procesu jest również analiza ryzyka. Audytorzy tworzą podstawową ocenę, jakie ryzyka występują w działalności klienta. Identyfikacja ryzyka na wczesnych etapach prac terenowych pozwala audytorom na omówienie sposobu podejścia do tych obszarów i zmiany metodologii audytu w celu zapewnienia pełnego audytu informacji klienta.
Faza raportowania audytu jest początkiem końca całego procesu. Metodologia audytu zazwyczaj przedstawia projekt matrycy, którą audytorzy przygotowują dla swojego klienta. Matryca zawiera krótki raport na temat wyników badania oraz istotnego wpływu pozycji na informacje finansowe. Metodologia zazwyczaj wymaga projektu matrycy, którą audytorzy omawiają z klientem przed wydaniem formalnego raportu z audytu. Audytorzy mogą zmienić swoje opinie na temat niektórych ustaleń, jeśli klient jest w stanie udowodnić, że pozycje nie stanowią problemu.
Kontynuacja audytu jest ostatnim etapem metodologii audytu. Jeżeli klient otrzyma opinię z badania z zastrzeżeniem lub negatywną — wskazującą na problem z bieżącymi informacjami finansowymi — konieczne jest przeprowadzenie drugiego badania, aby upewnić się, że problemy te nie występują. Metodologia audytu zazwyczaj wymaga audytu naprawczego, podczas którego audytorzy wracają do klienta i testują wszystkie obszary, które nie przeszły audytu wstępnego. Audytorzy ponownie testują nowe informacje, aby upewnić się, że klient zmienił praktyki księgowe w celu skorygowania poprzednich błędów. Zazwyczaj następuje audyt naprawczy. tę samą — choć mniej intensywną — metodologię.