Wybór najlepszego oprogramowania do transkrypcji medycznej zależy przede wszystkim od potrzeb transkrypcji. Programy mają szeroką gamę funkcji i różne poziomy złożoności. Oprogramowanie powinno również być zgodne ze wszystkimi prawami i przepisami dotyczącymi informacji związanych z opieką zdrowotną. Wskazane jest również określenie wymagań klientów w zakresie kompatybilności przed zakupem programu.
Jedną z najważniejszych cech oprogramowania do transkrypcji medycznej jest zgodność z lokalnymi przepisami dotyczącymi przekazywania informacji związanych z opieką zdrowotną. Na przykład w Stanach Zjednoczonych pacjenci są chronieni przez ustawę o przenośności i odpowiedzialności w ubezpieczeniach zdrowotnych (HIPAA). Ten akt kongresu zapewnia pacjentom pewien standard prywatności poprzez znormalizowane metody zabezpieczania informacji o stanie zdrowia. Istnieją również krajowe standardy przekazywania informacji zdrowotnych, których należy przestrzegać. Transkrypcjonista może być zmuszony do zakupu oprogramowania zgodnego z takimi przepisami, aby utrzymać się na rynku.
Istnieje szeroki wachlarz funkcji dostępnych w oprogramowaniu do transkrypcji medycznej. Ogólnie rzecz biorąc, są one nastawione na pomoc transkrypcjonistom w realizacji projektów tak szybko, jak to możliwe, przy zachowaniu dokładności, ponieważ wielu pracowników w tej dziedzinie otrzymuje wynagrodzenie za godzinę. Programy różnią się sposobem przechwytywania, przetwarzania i organizowania plików dźwiękowych.
Oprogramowanie z funkcją rozszerzenia wyrazów może przyspieszyć proces pisania. Rozpoznaje słowa w ciągu kilku pierwszych naciśnięć klawiszy i wypełnia pozostałe litery. Osoba dokonująca transkrypcji rozpoczyna wprowadzanie wspólnych terminów, które mają być użyte w dokumencie, a następnie za każdym razem, gdy osoba przeprowadzająca transkrypcję zaczyna pisać, program uzupełnia słowo. Ekspandery wyrazów działają zarówno ze skrótami, jak i pełnymi terminami.
Oprogramowanie medyczne do transkrypcji może być również zaprogramowane do przechwytywania dźwięku na kilka sposobów. Większość programów akceptuje różne typy plików cyfrowych, takie jak pliki pobrane z protokołu przesyłania plików (FTP), pendrive’a lub dysku CD. Inne programy mogą wykorzystywać technologię przechwytywania głosu do pobierania dźwięku ze źródeł zewnętrznych, takich jak wiadomości głosowe.
Inny rodzaj oprogramowania do transkrypcji medycznej wykorzystuje technologię rozpoznawania mowy do przenoszenia dźwięku na tekst. Wiele programów wstawia również znaki interpunkcyjne. Chociaż tego rodzaju oprogramowanie może obsłużyć większość projektów transkrypcji, nadal ważne jest, aby transkrypcjoniści sprawdzili cały tekst pod kątem dokładności. Prawdopodobnie trzeba będzie również dodać przynajmniej trochę znaków interpunkcyjnych.
Dostępne jest również oprogramowanie dla szkolących się transkrypcji medycznych. Typowy program poprowadzi użytkownika zarówno przez proces efektywnej transkrypcji, jak i rozwinięcie silnego słownictwa medycznego. Większość produktów zapewnia również możliwości prowadzenia praktyki prowadzonej w szerokim zakresie formatów dokumentacji medycznej.