Szklarnia musi być w stanie przepuszczać światło, zatrzymywać ciepło i wytrzymać trudne warunki pogodowe. Rodzaj paneli użytych do budowy szklarni jest kluczowy, należy również wziąć pod uwagę instalację, konserwację i budżet, aby wybrać najlepsze panele szklarniowe. Panele szklarniowe są wykonane ze szkła, włókna szklanego lub poliwęglanu. Każdy ma zalety i wady. Biorąc pod uwagę budżet i konserwację, a także pochłanianie światła i ciepła, panele szklarniowe z poliwęglanu najlepiej sprawdzają się w oświetlaniu i ogrzewaniu szklarni, pozostając jednocześnie trwałym i łatwym w utrzymaniu.
Szkło jest popularnym materiałem na panele szklarniowe, ponieważ najlepiej przepuszcza światło. Jest również wytrzymały, a wiele osób uważa szklane panele szklarniowe za najbardziej estetyczne. Wadą szkła jest jednak to, że jego montaż i oprawa może być bardzo kosztowna, ponieważ jest ciężkie i kruche. Chociaż w ciągu dnia przepuszcza dużo światła, metalowy materiał obramowania niezbędny do szklanych paneli nie izoluje dobrze, więc ciepło jest łatwo tracone. Możliwe jest również, że szklarnia może stać się zbyt gorąca, gdy nie jest odpowiednio wentylowana, co może być śmiertelne dla roślin.
Panele szklarniowe z włókna szklanego należą do najtańszych opcji i są stosunkowo łatwe w montażu i wymianie. Włókno szklane jest również mocniejsze niż szkło i lepiej znosi grad. Problem z włóknem szklanym polega na tym, że z biegiem czasu może ono żółknąć i nie przepuszczać tak dużo światła, że konieczna jest wymiana paneli lub zastosowanie grzałek pomocniczych. Czyszczenie może być trudne, szczególnie w przypadku paneli z falistego włókna szklanego, a niektórzy uważają, że tego typu panele są nieatrakcyjne i trudno je połączyć z architekturą krajobrazu. Innym problemem w przypadku paneli szklarniowych z włókna szklanego jest wysoka palność i konieczność stosowania odzieży ochronnej i masek, ze względu na niebezpieczne włókna podczas cięcia paneli.
Panele szklarniowe z poliwęglanu mają kilka takich samych zalet jak włókno szklane, ale bez problemów z palnością i włóknem. Dodatkowo poliwęglan przepuszcza więcej światła niż włókno szklane i chociaż nic nie przepuszcza tyle światła, co szkło, poliwęglan rozprasza światło, co stwarza optymalne środowisko dla wzrostu roślin. Zatrzymywanie ciepła i właściwości izolacyjne poliwęglanu są doskonałe i można go pokryć roztworem chroniącym przed promieniowaniem ultrafioletowym, który pomoże zapobiec blaknięciu z upływem czasu. Chociaż nie jest tak estetyczny jak szkło, poliwęglan jest o wiele bardziej ekonomiczny i łatwiejszy w utrzymaniu, wytrzymujący lata bez pęknięć i konieczności stosowania ciężkich ram.