Wybór odpowiedniego silnika zaburtowego do łodzi wymaga starannego rozważenia wielu czynników. Rozmiar łodzi i jej przeznaczenie to chyba najważniejsze dwa. Inne względy przy wyborze silnika obejmują rodzaj wody, na której łódź będzie używana, a także doświadczenie właściciela łodzi; niedoświadczeni właściciele łodzi powinni wybrać silnik zaburtowy, który nie jest tak mocny, jak typ używany przez doświadczonych operatorów łodzi. Konstrukcja silnika może być również decydującym czynnikiem, ponieważ niektóre konstrukcje nie są oferowane we wszystkich rozmiarach.
Umieszczenie silnika zaburtowego na zbyt dużej łodzi może prowadzić do wielu problemów. Jednym z najbardziej zauważalnych jest niemożność wpłynięcia łodzi na samolot. Mały silnik nie jest w stanie wygenerować prędkości, która pozwoliłaby dużej łodzi wynurzyć się z wody. Może to również stanowić problem bezpieczeństwa, ponieważ silnik może nie być w stanie popchnąć dużej łodzi pod silny prąd. Może to prowadzić do tego, że łódź wymknie się spod kontroli i będzie zdana na łaskę wiatru i prądu.
Z drugiej strony, jeśli silnik zaburtowy używany na łodzi przeznaczonej do trollingu z małą prędkością jest zbyt duży, silnik może ucierpieć z powodu ciągłej pracy na małej prędkości. Zanieczyszczone świece zapłonowe i przegrzanie często występują, gdy duży silnik pracuje z bardzo małą prędkością przez długi czas. Inną opcją do rozważenia jest wybór silnika 2-suwowego lub 4-suwowego. Często silnik 4-suwowy będzie działał z wolniejszymi prędkościami znacznie lepiej niż silnik 2-suwowy. Ten ostatni będzie cierpieć z powodu zabrudzonych olejem korków, gdy nie będzie miał możliwości oczyszczenia się przy dużej prędkości.
Ze względu na ogromną produkcję mocy większego silnika zaburtowego, niedoświadczony właściciel łodzi często rozsądnie wybiera mniejszy, słabszy silnik. Pchnięcie dużego silnika na najwyższy poziom wydajności może często przytłoczyć niedoświadczonego żeglarza i doprowadzić do katastrofy. Łódź poruszająca się z maksymalną prędkością łatwo denerwuje nawet najmniejszy ruch elementów sterujących. Rozpoczęcie pracy z mniejszym silnikiem to wydajna metoda zdobywania doświadczenia. Po opanowaniu mniejszy silnik zaburtowy można wymienić na większy model lub użyć na innej, zapasowej łodzi.