Dowody uzyskane ze szczątków szkieletowych wskazują, że pierwsze zabiegi stomatologiczne wykonywał człowiek w czasach prehistorycznych. W średniowieczu odpowiedzialność za ekstrakcje zębów i inne prymitywne praktyki stomatologiczne przejmowali mnisi, a później fryzjerzy. Formalna edukacja i informacje związane z higieną jamy ustnej pojawiły się dopiero w XVI wieku. Choć w połowie XVIII wieku uznano ją za praktykę medyczną, tylko bogaci korzystali z usług wyszkolonego dentysty. W XXI wieku stomatologia obejmuje co najmniej osiem konkretnych gałęzi, które zajmują się wszystkim, od wypełniania ubytków po chirurgię plastyczną.
Archeolodzy uważają, że historia stomatologii rozpoczęła się około 7,000 lat p.n.e. Zęby ludzkich szczątków znalezionych w Pakistanie zawierają coś, co wygląda na wywiercone dziury. Naukowcy sugerują, że wcześni ludzie używali wierteł dziobowych do wykonywania ubytków i znaleźli końcówki wierteł wykonane z krzemienia. Egipcjanin imieniem Hesy-Re, prawdopodobnie lekarz, udokumentował procedury dentystyczne powszechnie wykonywane w roku 2,600 p.n.e. Arystoteles i Hipokrates również pisali o zdrowiu zębów. Każdy filozof opisał ekstrakcję zęba za pomocą narzędzi, leczenie próchnicy oraz procedury z użyciem drutu do stabilizacji zęba i naprawy złamania szczęki.
Środki na bóle zębów opracowane przed pierwszym wiekiem naszej ery. Protetyka stomatologiczna, w tym złote korony i mosty zastępcze, pojawiła się już w 166 roku n.e. Uważani za najbardziej wykształconych ludzi tamtych czasów, w średniowieczu mnisi powszechnie zapewniali społeczności opiekę medyczną i dentystyczną. Ta wczesna historia stomatologii wskazuje również, że Chińczycy opracowali srebrną pastę do wypełniania ubytków. Mnisi ostatecznie kształcili i szkolili fryzjerów w medycynie, umożliwiając niektórym przeprowadzanie operacji, a innym przydzielonym do zwykłych zabiegów dentystycznych.
Niemiec Artzney Bucklein wydał pierwszą książkę o stomatologii w 1530 roku. Podręcznik nie tylko opisywał procedury jamy ustnej, ale także omawiał higienę jamy ustnej i choroby jamy ustnej. Antony van Leeuwenhoek odkrył mikroskopijne bakterie w 1683 roku. Do tego czasu wierzono, że robaki powodują próchnicę zębów. Wielu uważa Francuza Pierre’a Faucharda za ojca nowoczesnej stomatologii. Fauchard opublikował podręcznik opisujący wszystko, od anatomii zębów po chirurgię jamy ustnej i procesy odtwórcze.
Fauchard był również pierwszą osobą w historii stomatologii, która zrównała cukier i kwasy z powstawaniem ubytków. Do połowy XVIII wieku zamożni pacjenci otrzymali kanały korzeniowe, złote korony i słupy. Protezy z kości słoniowej były również luksusem dostępnym tylko dla zamożnych. Mniej szczęśliwa populacja, która doświadcza problemów z zębami, zwykle polegała na lokalnych kowalach przy ekstrakcji. Mniej więcej w tym czasie proszki do zębów i inne środki zaradcze stały się dostępne dla publiczności.
Termin dentysta, który pochodzi od francuskiego słowa dentysta, pojawił się w połowie XVIII wieku. Wcześniej każdy, kto wykonywał zabiegi jamy ustnej, był znany jako operator zębów. Pod koniec wieku John Greenwood opracował pierwszą wiertarkę mechaniczną napędzaną pedałem nożnym. Wkrótce pojawił się pierwszy fotel dentystyczny wraz z protezami porcelanowymi. Charles Goodyear opracował metodę utwardzania gumy w 18 r., a dentyści wykorzystali tę wulkanizowaną gumę jako nową podstawę protez, ponieważ porcelana miała tendencję do pękania. W połowie stulecia lekarze opracowali znieczulenie, które w końcu zapewniło bezbolesne zabiegi stomatologiczne.
Historia stomatologii trwała do lat 1900, wraz z wynalezieniem Novocaine w 1901 i odkryciem, że fluor zapobiega próchnicy w latach 1930. XX wieku. Do II wojny światowej społeczności dodały fluor do lokalnej wody pitnej. Postęp we współczesnej stomatologii obejmuje rozwój specjalistycznych narzędzi, materiałów wiążących i uzupełnień protetycznych. Stomatologia ostatecznie przekształciła się w specjalistyczne praktyki, które obejmują endodoncję, ortodoncję, periodontologię i chirurgię szczękowo-twarzową.