Fagot i obój są obydwoma instrumentami dętymi drewnianymi z podwójnym stroikiem, ale mają kilka istotnych różnic, które je od siebie odróżniają. Kilka różnic, które od razu widać, patrząc na oba instrumenty, to ich rozmiar, kształt i umiejscowienie ustnika. Fagot i obój również mają inne dźwięki, przy czym fagot gra w znacznie niższym rejestrze niż obój. Chociaż studenckie wersje obu instrumentów są często zbudowane z trwałego tworzywa sztucznego z żywicy, modele wyższej jakości dla doświadczonych muzyków są wykonane z różnych rodzajów drewna. Systemy kluczowania są również bardzo różne w obu instrumentach, a także sposób ich trzymania.
Przyglądając się obok siebie, kilka różnic między fagotem a obojem jest od razu widocznych. Ogólny wygląd każdego instrumentu jest charakterystyczny. Fagot jest znacznie większy niż obój i składa się z około 7 do 8 stóp (około 2.13 do 2.44 metra) rurek wygiętych w nierówny kształt litery U. Krótszy, węższy bok to miejsce, w którym haczykowaty ustnik jest przymocowany mniej więcej w połowie długości instrumentu; drugi koniec jest znacznie szerszy i wystaje poza ustnik. Obój składa się z pojedynczej, prostej rury, która u dołu ma kształt dzwonka, a u góry jest przymocowany ustnik i trzcina.
Zarówno fagot, jak i obój wytwarzają dźwięk, gdy muzyk wdmuchuje powietrze do podwójnego stroika, powodując wibracje, które rezonują wewnątrz rurki. Każdy instrument ma określony dźwięk i zakres. Fagot potrafi grać w bardzo niskim rejestrze, z najniższym dźwiękiem spośród instrumentów dętych drewnianych, z wyjątkiem większego kontrafagotu. Obój jest w stanie grać wyższe dźwięki, a jego dźwięk jest porównywany do kaczki, z bardzo wyraźnym tonem, łatwym do odróżnienia od innych instrumentów w orkiestrze. Oba instrumenty słyną z wyrazistości.
Wersje studenckie obu instrumentów są zwykle wykonane z tworzywa sztucznego, ponieważ jest trwałe. Bardziej doświadczeni muzycy zwykle wybierają instrument wyższej jakości. Fagot i obój są zwykle wykonane z różnych gatunków drewna. Fagot jest często wykonany z klonu, chociaż może być wykonany z innych gatunków drewna o średniej twardości. Obój jest najczęściej wykonany z drewna znanego jako African Blackwood lub grenadilla.
Każdy instrument ma inny system kluczowania. Klawisze są używane wraz z palcami do zakrywania otworów w rurce instrumentu, aby wytworzyć określone nuty. Fagot ma mniej klawiszy, podczas gdy obój ma stosunkowo dużą liczbę z około 45 skomplikowanymi klawiszami.
Fagot i obój są również trzymane inaczej. Ze względu na swój rozmiar fagot jest trzymany z boku muzyka, często z dodatkowym wsparciem, takim jak krzesło lub pasek na szyję. Muzyk zazwyczaj jest w stanie utrzymać obój przed swoim ciałem, ponieważ jest on znacznie mniejszy.