Środki antyseptyczne i dezynfekujące są używane do zabijania lub ograniczania rozwoju bakterii i innych mikroorganizmów. Kluczową różnicą między nimi jest miejsce, w którym są używane. Antyseptyki są stosowane na odsłoniętych częściach ciała, często, ale nie zawsze, w miejscu rany lub nacięcia chirurgicznego, aby zapobiec infekcji. Środki dezynfekujące stosuje się na innych powierzchniach, od powierzchni sal operacyjnych po blaty kuchenne, w celu zniszczenia potencjalnie niebezpiecznych drobnoustrojów.
Stosowanie zarówno środków dezynfekujących, jak i antyseptycznych jest stosunkowo nowym dodatkiem do praktyki medycznej. Miazmatyczna teoria chorób, która głosiła, że choroby są powodowane przez szkodliwe wpływy środowiska, a nie mikroorganizmy, pozostała powszechnie akceptowana do połowy XIX wieku. Instytucja medyczna okazała się niechętna zmianie standardowych procedur, nawet w obliczu przytłaczających dowodów eksperymentalnych.
Wcześni pionierzy badań nad środkami antyseptycznymi i dezynfekcyjnymi, tacy jak Ignaz Semmelweis, który badał śmiertelność matek leczonych bez odpowiednich procedur antyseptycznych, szybko zauważyli, że podstawowe środki ostrożności sanitarne znacznie zmniejszają wiele zagrożeń związanych z leczeniem. Chociaż lekarze powoli przyjmowali jego rady, w końcu jego pogląd zwyciężył. Joseph Lister stał się najbardziej udanym zwolennikiem stosowania środków antyseptycznych i dezynfekujących, a jego praca wystarczyła, aby stopniowo zmieniać standardową praktykę medyczną.
Zarówno środki antyseptyczne, jak i dezynfekujące działają w celu zabicia drobnoustrojów, ale środki antyseptyczne muszą również powodować niewielkie szkody w tkankach organizmu lub nie powodować ich wcale. Nadtlenek wodoru i alkohol należą do najczęstszych środków antyseptycznych stosowanych zarówno w medycynie, jak i w gospodarstwie domowym. Są one zwykle używane do czyszczenia skóry przed wykonaniem nacięcia, aby wyeliminować wszelkie potencjalnie niebezpieczne drobnoustroje z powierzchni skóry. Środki antyseptyczne mogą być również stosowane do leczenia skaleczeń powierzchniowych lub otarć w celu zabicia wszelkich drobnoustrojów, które mogły już dostać się do rany, chociaż proces ten może nieznacznie uszkodzić tkankę i powodować dyskomfort.
Środki dezynfekujące, w przeciwieństwie do środków antyseptycznych, nie muszą być bezpieczne do stosowania na żywej tkance. Wiele powszechnie stosowanych w gospodarstwie domowym substancji ma doskonałe właściwości dezynfekujące. Prosty roztwór wybielacza jest niezwykle skuteczny w zabijaniu większości drobnoustrojów, a wybielacz jest szeroko stosowany w tym celu, zarówno w placówkach medycznych, jak i w zwykłych zastosowaniach domowych. Gdy użycie środka chemicznego jako środka dezynfekującego nie jest pożądane, istnieją inne opcje, w tym użycie światła ultrafioletowego lub promieniowania, które generalnie nie nadają się do stosowania na żywej tkance, ale mogą być bardzo skuteczne w eliminowaniu drobnoustrojów.